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1f1g

Crystal structure of yeast cuznsod exposed to nitric oxide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COPPER-ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00445

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 0–153 链 B； UniProt 0–153 未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.35 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 0–153 链 D； UniProt 0–153 未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.35 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 0–153 链 F； UniProt 0–153 未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F1G Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B4L 15 ATMOSPHERE OXYGEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.254
1B4T H48C YEAST CU(II)/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
突变：H48C CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1F18 Crystal structure of yeast copper-zinc superoxide dismutase mutant GLY85ARG 提交 2000-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–153（154 aa）
突变：G85R CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；275 K；Ammonium Sulfate, Tris-HCl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 275K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
1F1A Crystal structure of yeast H48Q cuznsod fals mutant analog 提交 2000-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–153（154 aa）
突变：H48Q CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；277 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
1F1D Crystal structure of yeast H46C cuznsod mutant 提交 2000-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–153（154 aa）
突变：H46C CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-HCl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.278
1JCV REDUCED BRIDGE-BROKEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE LOW TEMPERATURE (-180C) STRUCTURE 提交 1995-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
突变：H48F ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–153（153 aa）
突变：H48F ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–153（153 aa）
链 C 1–153（153 aa）
突变：H48F 突变：H48F ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–153（153 aa）
链 C 1–153（153 aa）
突变：H48F 突变：H48F ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1SDY STRUCTURE SOLUTION AND MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT OF THE YEAST CU,ZN ENZYME SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1991-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–153（153 aa）
链 B 1–153（153 aa）
链 C 1–153（153 aa）
链 D 1–153（153 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1YAZ AZIDE-BOUND YEAST CU(II)/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 AZI AZIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
1YSO YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE WITH THE REDUCED BRIDGE BROKEN 提交 1995-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.73 Å
2JCW REDUCED BRIDGE-BROKEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SODC_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153 作者链 B； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153 作者链 C； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153 作者链 D； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153 作者链 E； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153 作者链 F； PDB构建体 1–154； UniProt 0–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f1g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f1g
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f1g
沉积日期 deposition_date2000-05-18
结构标题 titleCrystal structure of yeast cuznsod exposed to nitric oxide
关键词 keywordsNitric Oxide, CuZnSOD, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.52 Å
零角强度 I(0) i0154604000.00
分子量 molecular_weight95654.0 kDa
排除体积 excluded_volume116600 ų
包络体积 envelope_volume189950 ų
水化壳体积 shell_volume31609 ų
包络直径 envelope_diameter164.1 Å
壳层 Rg shell_rg54.33 Å
包络 Rg envelope_rg48.61 Å
形状 Rg shape_rg51.51 Å
总 Rg total_rg51.65 Å
总原子数 total_atoms6678
残基数 n_residues918
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.7 Å
Rg (实空间) rg_real52.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.27 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal154500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6379
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9 Å
偏度 Skewness skewness0.125
峰度 Kurtosis kurtosis-1.366
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3306000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.027; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.371; Smooth: 0.837
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1f1ga_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd1f1gb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd1f1gc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd1f1gd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd1f1ge_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
结构域编号 domain_idd1f1gf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family familyb.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1f1gA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id1f1gB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id1f1gC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id1f1gD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id1f1gE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
结构域编号 domain_id1f1gF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)