1f30

THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 172.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 0–166 链 B； UniProt 0–166 链 C； UniProt 0–166 链 D； UniProt 0–166 链 E； UniProt 0–166 链 F； UniProt 0–166	未记录	ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.272
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 0–166 链 H； UniProt 0–166 链 I； UniProt 0–166 链 J； UniProt 0–166 链 K； UniProt 0–166 链 L； UniProt 0–166	未记录	ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1F30	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DPS THE CRYSTAL STRUCTURE OF DPS, A FERRITIN HOMOLOG THAT BINDS AND PROTECTS DNA 提交 1998-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–166（166 aa）链 B 1–166（166 aa）链 C 1–166（166 aa）链 D 1–166（166 aa）链 E 1–166（166 aa）链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）链 K 1–166（166 aa）链 L 1–166（166 aa）	突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C	NA SODIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.55-1.7 M SODIUM FORMATE 13-16% PEG 8000 100 MM NACL 50 MM TRIS PH 8, pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1JRE DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	CD CADMIUM ION × 13 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.264
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 0–166（167 aa）链 N 0–166（167 aa）链 O 0–166（167 aa）链 P 0–166（167 aa）链 Q 0–166（167 aa）链 R 0–166（167 aa）链 S 0–166（167 aa）链 T 0–166（167 aa）链 U 0–166（167 aa）链 V 0–166（167 aa）链 W 0–166（167 aa）链 X 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1L8H DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2002-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A	K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
1L8I Dna Protection and Binding by E. Coli DPS Protein 提交 2002-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
2W9R Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS 提交 2009-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–16（11 aa）片段：RESIDUES 10-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 1.70 Å R-free 0.254
3O2H E. coli ClpS in complex with a Leu N-end rule peptide 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–16（11 aa）片段：unp residues 6-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M TRIS, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
5XGO The Ferritin E-Domain: Toward Understanding Its Role in Protein Cage Assembly Through the Crystal Structure of a Maxi-/Mini-Ferritin Chimera 提交 2017-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）链 C 1–163（163 aa）链 D 1–163（163 aa）链 E 1–163（163 aa）链 F 1–163（163 aa）链 G 1–163（163 aa）链 H 1–163（163 aa）链 I 1–163（163 aa）链 J 1–163（163 aa）链 K 1–163（163 aa）链 L 1–163（163 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；292.15 K；0.2M lithium sulphate, 18% PEG 1000, pH 4.2	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 9–167（159 aa）链 B 14–167（154 aa）链 C 14–167（154 aa）链 D 12–167（156 aa）链 E 14–167（154 aa）链 F 14–167（154 aa）链 G 14–167（154 aa）链 H 14–167（154 aa）链 I 14–167（154 aa）链 J 14–167（154 aa）链 K 14–167（154 aa）链 L 14–167（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.258
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 b 9–167（159 aa）链 c 14–167（154 aa）链 d 14–167（154 aa）链 e 12–167（156 aa）链 f 17–167（151 aa）链 g 14–167（154 aa）链 h 14–167（154 aa）链 i 14–167（154 aa）链 j 14–167（154 aa）链 k 14–167（154 aa）链 l 14–167（154 aa）链 m 14–167（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.258
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）链 G 1–167（167 aa）链 H 1–167（167 aa）链 I 1–167（167 aa）链 J 1–167（167 aa）链 K 1–167（167 aa）链 L 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 1–167（167 aa）链 N 1–167（167 aa）链 O 1–167（167 aa）链 P 1–167（167 aa）链 Q 1–167（167 aa）链 R 1–167（167 aa）链 S 1–167（167 aa）链 T 1–167（167 aa）链 U 1–167（167 aa）链 V 1–167（167 aa）链 W 1–167（167 aa）链 X 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8OUC Escherichia coli DPS 提交 2023-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 AAA 1–167（167 aa）链 BBB 1–167（167 aa）链 CCC 1–167（167 aa）链 DDD 1–167（167 aa）链 EEE 1–167（167 aa）链 FFF 1–167（167 aa）链 GGG 1–167（167 aa）链 HHH 1–167（167 aa）链 III 1–167（167 aa）链 JJJ 1–167（167 aa）链 KKK 1–167（167 aa）链 LLL 1–167（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；TRIS-HCl	分辨率 1.37 Å R-free 0.206
8PV9 Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 2–167（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9ZC2 Structure of E. Coli DNA protection during starvation protein (DPS) from single particle cryoEM 提交 2025-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）链 G 1–167（167 aa）链 H 1–167（167 aa）链 I 1–167（167 aa）链 J 1–167（167 aa）链 K 1–167（167 aa）链 L 1–167（167 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.30 Å

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 B； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 C； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 D； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 E； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 F； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 G； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 H； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 I； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 J； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 K； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 L； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f30
沉积日期 deposition_date	2000-05-31
结构标题 title	THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN
关键词 keywords	Dodecamer, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.08 Å
零角强度 I(0) i0	669013000.00
分子量 molecular_weight	212760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	265560 Å³
包络体积 envelope_volume	359840 Å³
水化壳体积 shell_volume	60718 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.41 Å
包络 Rg envelope_rg	50.18 Å
形状 Rg shape_rg	50.08 Å
总 Rg total_rg	50.15 Å
总原子数 total_atoms	14940
残基数 n_residues	1872
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.7 Å
Rg (实空间) rg_real	50.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	668600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8292
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.419
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.647

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN
分子量 formula_weight	18720.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15479

MSTAKLVKSKATNLLYTRNDVSDSEKKATVELLNRQVIQFIDLSLITKQAHWNMRGANFIAVHEMLDGFRTALIDHLDTMAERAVQLGGVALGTTQVINSKTPLKSYPLDIHNVQDHLKELADRYAIVANDVRKAIGEAKDDDTADILTAASRDLDKFLWFIESNIE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	539

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1f30a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30i_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1f30l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1f30A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1f30L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.773 Å
晶胞边长 b length_b	140.780 Å
晶胞边长 c length_c	268.419 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	29.470 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/f3/1f30/1f30.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/1f30/1f30.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/1f30/1f30.dat