SAXSdb — 1f4r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-METHYL-ADENINE DNA GLYCOSYLASE

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 80–298	未记录	;DNA (5'-D(GPAPCPAPTPGP(EDA)PTPTPGPCPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPGPCPAPAPTPCPAPTPGPTPCPA)-3') ; × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris-HCl, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1F4R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BNK HUMAN 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE COMPLEXED TO DNA 提交 1998-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 80–295（216 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1EWN CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA 提交 2000-04-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 80–298（219 aa）片段：E125Q	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
1F6O CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH DNA 提交 2000-06-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 80–298（219 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3QI5 Crystal structure of human alkyladenine DNA glycosylase in complex with 3,N4-ethenocystosine containing duplex DNA 提交 2011-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 84–298（215 aa）片段：delta79AAG	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary strand that contained G opposite EDC (5'-GGC AAG CAT GTC A-3'). The delta79AAG-EDC complexes were prepared by mixing equimolar ratios of delta79AAG and EDC:G 13-mer DNA duplex at the final protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM Hepes-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. The crystals were obtained upon mixing 1 uL of complex and 1 ul of the reservoir solution (100 mM sodium cacodylate pH 6.0, 200 mM manganese chloride and 20% polyethylene glycol (PEG)-3350) over 0.5 ml of the reservoir solution, followed by incubation for 2 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
3QI5 Crystal structure of human alkyladenine DNA glycosylase in complex with 3,N4-ethenocystosine containing duplex DNA 提交 2011-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 84–298（215 aa）片段：delta79AAG	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary strand that contained G opposite EDC (5'-GGC AAG CAT GTC A-3'). The delta79AAG-EDC complexes were prepared by mixing equimolar ratios of delta79AAG and EDC:G 13-mer DNA duplex at the final protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM Hepes-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. The crystals were obtained upon mixing 1 uL of complex and 1 ul of the reservoir solution (100 mM sodium cacodylate pH 6.0, 200 mM manganese chloride and 20% polyethylene glycol (PEG)-3350) over 0.5 ml of the reservoir solution, followed by incubation for 2 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
3UBY Crystal structure of human alklyadenine DNA glycosylase in a lower and higher-affinity complex with DNA 提交 2011-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 84–298（215 aa）片段：DELTA79AAG 链 B 84–298（215 aa）片段：DELTA79AAG	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；An equimolar ratio of delta79AAG and 13-mer single-stranded (ss) EDC DNA were mixed to form a protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. Crystals were obtained upon mixing 1 uL of protein-DNA complex and 1 uL of reservoir solution (100 mM BIS-TRIS, pH 5.5, 200 mM cesium chloride and 20% polyethylene glycol (PEG) 3350) over 0.5 ml of reservoir solution. Crystals appeared after incubation for 14 days at 22 degrees C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
7XFH Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–298（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.90 Å
7XFJ Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–298（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
7XFM Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–298（298 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 80–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f4r
沉积日期 deposition_date	2000-06-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.99 Å
零角强度 I(0) i0	19988900.00
分子量 molecular_weight	29087.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34293 Å³
包络体积 envelope_volume	40536 Å³
水化壳体积 shell_volume	18742 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.3 Å
壳层 Rg shell_rg	24.41 Å
包络 Rg envelope_rg	18.36 Å
形状 Rg shape_rg	17.96 Å
总 Rg total_rg	18.89 Å
总原子数 total_atoms	2016
残基数 n_residues	222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2776000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPAPTPGP(EDA)PTPTPGPCPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	3990.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	2064

GACATGATTGCCT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPGPCPAPAPTPCPAPTPGPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3975.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCAATCATGTCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	3-METHYL-ADENINE DNA GLYCOSYLASE
分子量 formula_weight	24328.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KGHLTRLGLEFFDQPAVPLARAFLGQVLVRRLPNGTELRGRIVETEAYLGPEDEAAHSRGGRQTPRNRGMFMKPGTLYVYIIYGMYFCMNISSQGDGACVLLRALEPLEGLETMRQLRSTLRKGTASRVLKDRELCSGPSKLCQALAINKSFDQRDLAQDEAVWLERGPLEPSEPAVVAAARVGVGHAGEWARKPLRFYVRGSPWVSVVDRVAEQDTQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1f4ra_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.46 — FMT C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.46.1 — FMT C-terminal domain-like
家族 Family family	b.46.1.2 — 3-methyladenine DNA glycosylase (AAG, ANPG, MPG)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1f4rA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	300 — 3-methyladenine DNA Glycosylase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methylpurine-DNA glycosylase (MPG)

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	42.100 Å
晶胞边长 b length_b	57.300 Å
晶胞边长 c length_c	125.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/f4/1f4r/1f4r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f4/1f4r/1f4r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f4/1f4r/1f4r.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-METHYL-ADENINE DNA GLYCOSYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)