SAXSdb — 1f7k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POL POLYPROTEIN

Feline immunodeficiency virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 711–846	片段：DUTPASE	MG MAGNESIUM ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM cacodylate and the crystals were soaked in 5 mM dUMP overnight, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 711–846	片段：DUTPASE	MG MAGNESIUM ION × 1 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM cacodylate and the crystals were soaked in 5 mM dUMP overnight, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 711–846	片段：DUTPASE	MG MAGNESIUM ION × 3 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM cacodylate and the crystals were soaked in 5 mM dUMP overnight, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1F7K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B11 STRUCTURE OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE COMPLEXED WITH TL-3-093 提交 1998-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–154（113 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 3TL benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；SAMPLE: 3.4MG/ML FIVPR IN 25MM IMIDAZOL BUFFER AT PH 7.0 WITH 1MM EDTA AND 10MM DTT. WELL SOLUTION: 1.6M AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER AT PH 4.5 MIXING SAMPLE AND WELL SOLLUTION 1:1, pH 5.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
1DUT FIV DUTP PYROPHOSPHATASE 提交 1996-09-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–843（133 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1DUT FIV DUTP PYROPHOSPHATASE 提交 1996-09-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 711–843（133 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1F7D CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 2000-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50mM Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.218
1F7D CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 2000-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50mM Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.218
1F7D CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS 提交 2000-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50mM Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.218
1F7N CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM Cacodylate. The crystals were soaked in 10 mM dUTP for 24 hrs, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
1F7N CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	实验环境不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM Cacodylate. The crystals were soaked in 10 mM dUTP for 24 hrs, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
1F7N CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	实验环境不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；13% MPEG 5K, 50 mM Cacodylate. The crystals were soaked in 10 mM dUTP for 24 hrs, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
1F7O CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 C 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；1.0M Sodium citrate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.286
1F7P CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 C 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；1.0M Sodium citrate pH 6.5. The crystals were soaked in 10 mM dUDP for 17 hrs, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å
1F7Q CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 B 711–846（136 aa）片段：DUTPASE 链 C 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	DUT DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；1.0M Sodium citrate pH 6.5. The crystals were soaked in 10 mM dUDP for 24 hrs, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.26 Å
1F7R CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS. 提交 2000-06-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 711–846（136 aa）片段：DUTPASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；1.25 M sodium citrate. The protein solution was incubated with 25 mM dUDP prior to crystallization experiments., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å
1FIV STRUCTURE OF AN INHIBITOR COMPLEX OF PROTEINASE FROM FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS 提交 1995-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 42–154（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2FIV Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate 提交 1997-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–154（116 aa）链 B 39–154（116 aa）	突变：D30N 突变：D30N	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.0 MOLAR AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH=5.6.	分辨率 2.00 Å
2HAH The structure of FIV 12S protease in complex with TL-3 提交 2006-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–154（116 aa）片段：residues 39-154	突变：I37V, N55M, M56I, I57G, V59I, G62F, K63I, L97T, I98P, Q99V, P100N, L101I	3TL benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；281.16 K；100mM Hepes, 2.5M LiCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.16K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
3FIV CRYSTAL STRUCTURE OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE COMPLEXED WITH A SUBSTRATE 提交 1997-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 39–154（116 aa）链 B 39–154（116 aa）	突变：D30N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D30N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH=5.6. PROTEIN CONCENTRATION, 5.0 MG/ML. CRYSTALLIZATION METHOD: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.85 Å
3OGP Crystal Structure of 6s-98S FIV Protease with Darunavir bound 提交 2010-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–154（116 aa）片段：UNP residues 39-154 链 B 39–154（116 aa）片段：UNP residues 39-154	突变：I37V, N55M, V59I, I98S, Q99V, P100N 突变：I37V, N55M, V59I, I98S, Q99V, P100N	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
3OGQ Crystal Structure of 6s-98S FIV Protease with Lopinavir bound 提交 2010-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–154（116 aa）片段：UNP residues 39-154 链 B 39–154（116 aa）片段：UNP residues 39-154	突变：I37V, N55M, V59I, I98S, Q99V, P100N 突变：I37V, N55M, V59I, I98S, Q99V, P100N	AB1 N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.279
4FIV FIV PROTEASE COMPLEXED WITH AN INHIBITOR LP-130 提交 1998-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–154（113 aa）	未记录	LP1 4-[2-(2-ACETYLAMINO-3-NAPHTALEN-1-YL-PROPIONYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOYLAMINO]-3-HYDROXY-6-METHYL-HEPTANOIC ACID [1-(1-CARBAMOYL-2-NAPHTHALEN-1-YL-ETHYLCARBAMOYL)-PROPYL]-AMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 1.80 Å
4MQ3 The 1.1 Angstrom Structure of Catalytic Core Domain of FIV Integrase 提交 2013-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 904–1031（128 aa）片段：Catalytic Core Domain	突变：F1030K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.2M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris pH 8.5, 20% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.08 Å R-free 0.176
4PA1 Crystal Structure of Catalytic Core domain of FIV Integrase 提交 2014-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 904–1052（149 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM TrisHCl pH 8.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.222
4PA1 Crystal Structure of Catalytic Core domain of FIV Integrase 提交 2014-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 904–1052（149 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM TrisHCl pH 8.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.222
4PA1 Crystal Structure of Catalytic Core domain of FIV Integrase 提交 2014-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 904–1052（149 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM TrisHCl pH 8.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.222
5FIV STRUCTURAL STUDIES OF HIV AND FIV PROTEASES COMPLEXED WITH AN EFFICIENT INHIBITOR OF FIV PR 提交 1998-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–154（113 aa）	未记录	3TL benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；SAMPLE: 3.4MG/ML V59I IN 25MM IMIDAZOL BUFFER AT PH 7.0 WITH 1MM EDTA AND 10MM DTT. WELL SOLUTION: 1.6M AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER AT PH 4.5 MIXING SAMPLE AND WELL SOLLUTION 1:1, pH 5.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
6FIV STRUCTURAL STUDIES OF HIV AND FIV PROTEASES COMPLEXED WITH AN EFFICIENT INHIBITOR OF FIV PR 提交 1998-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–154（113 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 3TL benzyl [(1S,4S,7S,8R,9R,10S,13S,16S)-7,10-dibenzyl-8,9-dihydroxy-1,16-dimethyl-4,13-bis(1-methylethyl)-2,5,12,15,18-pentaoxo-20-phenyl-19-oxa-3,6,11,14,17-pentaazaicos-1-yl]carbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；SAMPLE: 3.4MG/ML Q99V IN 25MM IMIDAZOL BUFFER AT PH 7.0 WITH 1MM EDTA AND 10MM DTT. WELL SOLUTION: 1.6M AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER AT PH 4.5 MIXING SAMPLE AND WELL SOLLUTION 1:1, pH 5.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.266

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_FIVPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 711–846 作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 711–846

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f7k
沉积日期 deposition_date	2000-06-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS.
关键词 keywords	Eight stranded beta barrel protein, Viral protein, hydrolase; Viral protein, hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.86 Å
零角强度 I(0) i0	11233800.00
分子量 molecular_weight	26011.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33198 Å³
包络体积 envelope_volume	46052 Å³
水化壳体积 shell_volume	18125 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.29 Å
包络 Rg envelope_rg	25.45 Å
形状 Rg shape_rg	22.86 Å
总 Rg total_rg	23.54 Å
总原子数 total_atoms	1817
残基数 n_residues	234
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6803
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.9280
最高正则化参数 α highest_alpha	1709000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.966; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.001

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POL POLYPROTEIN
分子量 formula_weight	14730.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1949

MIIEGDGILDKRSEDAGYDLLAAKEIHLLPGEVKVIPTGVKLMLPKGYWGLIIGKSSIGSKGLDVLGGVIDEGYRGEIGVIMINVSRKSITLMERQKIAQLIILPCKHEVLEQGKVVMDSERGDNGYGSTGVFSSW

来源 Source

来源生物 organism	Feline immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11673
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	308.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	132

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1f7ka_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.1 — dUTPase-like

结构域编号 domain_id	d1f7kb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.1 — dUTPase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1f7kA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	1f7kB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	79.130 Å
晶胞边长 b length_b	79.130 Å
晶胞边长 c length_c	87.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/f7/1f7k/1f7k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/1f7k/1f7k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/1f7k/1f7k.dat

CRYSTAL STRUCTURES OF FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS DUTP PYROPHOSPHATASE AND ITS NUCLEOTIDE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL FORMS.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POL POLYPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction