1f95

SOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE COMPLEX

Method: SOLUTION NMR Dmax: 57.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DYNEIN

Rattus norvegicus

UniProt P63170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–89 链 B; UniProt 1–89 片段:8KDA LIGHT CHAIN BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR) × 2 (O43521) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;303 K;离子强度(mmCIF原始值)100mM;压力 ambient NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O | 99.9% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYL1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 B; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

BCL2-LIKE 11 (APOPTOSIS FACILITATOR)

物种未注明

UniProt O43521

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 108–116 链 D; UniProt 108–116 片段:DLC8 BINDING REGION DYNEIN × 2 (P63170) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;303 K;离子强度(mmCIF原始值)100mM;压力 ambient NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex 15N,13C; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 90% H2O and 10% D2O | 90% H2O and 10% D2O NMR样品组成:1.5mM DLC8/Bim peptide complex ; 100mM phosphate buffer; 10mM DTT; 99.9% D2O | 99.9% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2L11_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 108–116 作者链 D; PDB构建体 1–9; UniProt 108–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f95

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f95
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f95
沉积日期 deposition_date2000-07-07
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF DYNEIN LIGHT CHAIN 8 (DLC8) AND BIM PEPTIDE COMPLEX
关键词 keywordsdynein, light chain, DLC8, Bim, APOPTOSIS, CONTRACTILE PROTEIN-peptide complex; CONTRACTILE PROTEIN/peptide
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.20
零角强度 I(0) i09734270.00
分子量 molecular_weight22732.0 kDa
排除体积 excluded_volume28299 ų
包络体积 envelope_volume31018 ų
水化壳体积 shell_volume15891 ų
包络直径 envelope_diameter59.1
壳层 Rg shell_rg22.51
包络 Rg envelope_rg16.83
形状 Rg shape_rg16.10
总 Rg total_rg17.54
总原子数 total_atoms3156
残基数 n_residues196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.7
Rg (实空间) rg_real17.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real9.7340e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9734000.0000
解质量估计 total_estimate0.7994
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.6
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.259
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2837000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1f95a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamilyd.39.1 — DLC
家族 Family familyd.39.1.1 — DLC
结构域编号 domain_idd1f95b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.39 — DLC
超家族 Superfamily superfamilyd.39.1 — DLC
家族 Family familyd.39.1.1 — DLC

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1f95A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;
结构域编号 domain_id1f95B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology740 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)