SAXSdb — 1fk4

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN

物种未注明

UniProt P19656

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–120	未记录	STE STEARIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；5.0M Na formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1FK4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AFH LIPID TRANSFER PROTEIN FROM MAIZE SEEDLINGS, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1997-03-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K	分辨率未提供
1FK0 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH CAPRIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	DKA DECANOIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.3M Na formate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1FK1 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH LAURIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.2M Na formate, 0.2M potassium cyanide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
1FK2 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH MYRISTIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.2M Na formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
1FK3 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH PALMITOLEIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.5M Na formate, 0.1M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
1FK5 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH OLEIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	OLA OLEIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6-4.8M Na formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.30 Å R-free 0.188
1FK6 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH ALPHA-LINOLENIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	LNL ALPHA-LINOLENIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.4M Na formate, 0.1M bezene sulfornic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1FK7 STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH RICINOLEIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 2000-08-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	RCL RICINOLEIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；5.0M Na formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1MZL MAIZE NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN 提交 1995-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
1MZM MAIZE NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH PALMITATE 提交 1995-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–120（93 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.78 Å R-free 0.179

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NLTP_MAIZE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 28–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fk4
沉积日期 deposition_date	2000-08-09
结构标题 title	STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH STEARIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
关键词 keywords	protein-lipid complex, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.10 Å
零角强度 I(0) i0	2227930.00
分子量 molecular_weight	9420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11462 Å³
包络体积 envelope_volume	12708 Å³
水化壳体积 shell_volume	9306 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.6 Å
壳层 Rg shell_rg	17.26 Å
包络 Rg envelope_rg	12.19 Å
形状 Rg shape_rg	12.12 Å
总 Rg total_rg	13.19 Å
总原子数 total_atoms	651
残基数 n_residues	93
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.2 Å
Rg (实空间) rg_real	13.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2280e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2310e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2228000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8760
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.066
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	205100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.985

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN
分子量 formula_weight	9062.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	713

AISCGQVASAIAPCISYARGQGSGPSAGCCSGVRSLNNAARTTADRRAACNCLKNAAAGVSGLNAGNAASIPSKCGVSIPYTISTSTDCSRVN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	STEARIC ACID
分子量 formula_weight	284.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	62

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1fk4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.52 — Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin
超家族 Superfamily superfamily	a.52.1 — Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin
家族 Family family	a.52.1.1 — Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1fk4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	110 — Hydrophobic Seed Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	24.810 Å
晶胞边长 b length_b	50.000 Å
晶胞边长 c length_c	69.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2080

fit	/app/data/saxs_computation/fk/1fk4/1fk4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/1fk4/1fk4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/1fk4/1fk4.dat

STRUCTURAL BASIS OF NON-SPECIFIC LIPID BINDING IN MAIZE LIPID-TRANSFER PROTEIN COMPLEXES WITH STEARIC ACID REVEALED BY HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NONSPECIFIC LIPID-TRANSFER PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction