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1fmf

REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE (13C,15N-LABELED) B12-BINDING SUBUNIT OF GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM

Method: SOLUTION NMR Dmax: 50.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHYLASPARTATE MUTASE S CHAIN

Clostridium tetanomorphum

UniProt Q05488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–137 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；299 K；离子强度（mmCIF原始值）11mM KXH3-XPO4；压力 1 NMR样品组成：1.5mM MutS U-98% 15N,13C; 11mM phosphate buffer; | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FMF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BE1 GLUTAMATE MUTASE (B12-BINDING SUBUNIT), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–137（137 aa） 片段：B12-BINDING SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；299 K；离子强度（mmCIF原始值）11mM KXH3-XPO4；压力 ATMOSPHERIC
NMR样品组成 90% H2O,10% D2O
分辨率未提供
1ID8 NMR STRUCTURE OF GLUTAMATE MUTASE (B12-BINDING SUBUNIT) COMPLEXED WITH THE VITAMIN B12 NUCLEOTIDE 提交 2001-04-04 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–137（137 aa）
未记录 FOP 2-HYDROXY-PROPYL-AMMONIUM × 1 DBI PHOSPHORIC ACID MONO-[5-(5,6-DIMETHYL-BENZOIMIDAZOL-1-YL)-4-HYDROXY-2-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL] ESTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；299 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM potassium phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 1.5mM MutS U-15N; 18.0mM B12-Nucleotide; 10mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAMA_CLOTT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–137； UniProt 1–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fmf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fmf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fmf
沉积日期 deposition_date2000-08-17
结构标题 titleREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE (13C,15N-LABELED) B12-BINDING SUBUNIT OF GLUTAMATE MUTASE FROM CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM
关键词 keywordsnucleotide binding fold, Rossmann fold, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.69 Å
零角强度 I(0) i02683400000.00
分子量 molecular_weight442290.0 kDa
排除体积 excluded_volume553960 ų
包络体积 envelope_volume35858 ų
水化壳体积 shell_volume17817 ų
包络直径 envelope_diameter56.7 Å
壳层 Rg shell_rg23.11 Å
包络 Rg envelope_rg16.73 Å
形状 Rg shape_rg13.66 Å
总 Rg total_rg13.89 Å
总原子数 total_atoms61740
残基数 n_residues4110
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.9 Å
Rg (实空间) rg_real13.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2683000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8190
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7 Å
偏度 Skewness skewness0.049
峰度 Kurtosis kurtosis-0.369
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha779700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.553; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1fmfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family familyc.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1fmfA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily280 — Cobalamin-binding domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)