1fnk

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHORISMATE MUTASE MUTANT C88K/R90S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CHORISMATE MUTASE)

Bacillus subtilis

UniProt P19080

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–127 突变:YES 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;Protein solution: 10 mM Tris-HCl, 2mM DTT, 0.125 mM EDTA, Reservoir solution: 30% PEG 400, 50 mM Tris-HCl, 50 mM magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.00 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHMU_BACSU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–127; UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fnk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fnk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fnk
沉积日期 deposition_date2000-08-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHORISMATE MUTASE MUTANT C88K/R90S
关键词 keywordsCHORISMATE MUTASE, PROTEIN, MUTANT, PSEUDO-ALPHA BETA-BARREL, TRIMER, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.17
零角强度 I(0) i03477840.00
分子量 molecular_weight13145.0 kDa
排除体积 excluded_volume16544 ų
包络体积 envelope_volume19401 ų
水化壳体积 shell_volume11815 ų
包络直径 envelope_diameter51.3
壳层 Rg shell_rg19.79
包络 Rg envelope_rg14.56
形状 Rg shape_rg14.16
总 Rg total_rg15.43
总原子数 total_atoms917
残基数 n_residues115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.3
Rg (实空间) rg_real15.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real3.4780e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3210e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3478000.0000
解质量估计 total_estimate0.6347
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.2
偏度 Skewness skewness0.242
峰度 Kurtosis kurtosis-0.348
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1174000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1fnka_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.1 — YjgF-like
家族 Family familyd.79.1.2 — Chorismate mutase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1fnkA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — RutC-like

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)