1fo3

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CLASS I ALPHA1,2-MANNOSIDASE IN COMPLEX WITH KIFUNENSINE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fo3
沉积日期 deposition_date	2000-08-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CLASS I ALPHA1,2-MANNOSIDASE IN COMPLEX WITH KIFUNENSINE
关键词 keywords	alpha-alpha7 barrel, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.97 Å
零角强度 I(0) i0	44187100.00
分子量 molecular_weight	52310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65562 Å³
包络体积 envelope_volume	72394 Å³
水化壳体积 shell_volume	27411 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.93 Å
包络 Rg envelope_rg	21.25 Å
形状 Rg shape_rg	20.96 Å
总 Rg total_rg	21.88 Å
总原子数 total_atoms	3696
残基数 n_residues	455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9003
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA1,2-MANNOSIDASE
分子量 formula_weight	52781.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.24
突变 mutation	DELETION MUTANT
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4115

TQGPVHLNYRQKGVIDVFLHAWKGYRKFAWGHDELKPVSRSFSEWFGLGLTLIDALDTMWILGLRKEFEEARKWVSKKLHFEKDVDVNLFESTIRILGGLLSAYHLSGDSLFLRKAEDFGNRLMPAFRTPSKIPYSDVNIGTGVAHPPRWTSDSTVAEVTSIQLEFRELSRLTGDKKFQEAVEKVTQHIHGLSGKKDGLVPMFINTHSGLFTHLGVFTLGARADSYYEYLLKQWIQGGKQETQLLEDYVEAIEGVRTHLLRHSEPSKLTFVGELAHGRFSAKMDHLVCFLPGTLALGVYHGLPASHMELAQELMETCYQMNRQMETGLSPEIVHFNLYPQPGRRDVEVKPADRHNLLRPETVESLFYLYRVTGDRKYQDWGWEILQSFSRFTRVPSGGYSSINNVQDPQKPEPRDKMESFFLGETLKYLFLLFSDDPNLLSLDAYVFNTEAHPLPIWTPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	KIFUNENSINE
分子量 formula_weight	232.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	419

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1fo3a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.2 — Seven-hairpin glycosidases
家族 Family family	a.102.2.1 — Class I alpha-1;2-mannosidase, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1fo3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.975 Å
晶胞边长 b length_b	95.975 Å
晶胞边长 c length_c	137.028 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	28.560 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/fo/1fo3/1fo3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fo/1fo3/1fo3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fo/1fo3/1fo3.dat