← 返回搜索
1fod

STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS

Foot-and-mouth disease virus

UniProt Q84771

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly（240） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 60 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 6 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 508–720 链 2； UniProt 70–287 链 3； UniProt 288–507 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （P87677） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FOD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1BBT METHODS USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1992-05-18 当前字段一致 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 1 508–720（213 aa）
链 2 70–287（218 aa）
链 3 288–507（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q84771_9PICO
Isoform —
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–213； UniProt 508–720 作者链 2； PDB构建体 1–218； UniProt 70–287 作者链 3； PDB构建体 1–220； UniProt 288–507

FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS

Foot-and-mouth disease virus

UniProt P87677

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly（240） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 60 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 60 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 60 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 6 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 6 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 6 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 1 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 4； UniProt 1–85 未记录 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS × 5 （Q84771） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FOD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1FMD THE STRUCTURE AND ANTIGENICITY OF A TYPE C FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS 提交 1994-02-10 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 4 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P87677_9PICO
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 4； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fod

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fod
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fod
沉积日期 deposition_date1993-10-27
结构标题 titleSTRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS
关键词 keywordsVIRUS, Icosahedral virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.44 Å
零角强度 I(0) i093623900.00
分子量 molecular_weight76042.0 kDa
排除体积 excluded_volume95082 ų
包络体积 envelope_volume132160 ų
水化壳体积 shell_volume36593 ų
包络直径 envelope_diameter115.4 Å
壳层 Rg shell_rg36.73 Å
包络 Rg envelope_rg31.45 Å
形状 Rg shape_rg30.43 Å
总 Rg total_rg31.10 Å
总原子数 total_atoms5362
残基数 n_residues691
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.0 Å
Rg (实空间) rg_real30.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real9.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal93620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8765
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.2 Å
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.291
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19150000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.970
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1fod.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1fod1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1fod3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1fod100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1fod200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1fod300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1fod400
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology90 — Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus
▶

8. 引用文献 (4)

▶

9. 文件与曲线 (10)