KAP-1 COREPRESSOR
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 619–679 | 片段：PHD DOMAIN | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；303 K；压力 AMBIENT NMR样品组成：1.5-3.0 mM 15N-labelled or unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.5-3.0 mM unlabelled KAP-1 PHD, 20 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl, 5 mM DTT, pH 7.5 | 100% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1FP0 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2RO1 NMR Solution Structures of Human KAP1 PHD finger-bromodomain 提交 2008-03-04 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
624–812（189 aa）
片段：UNP residues 624-812
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成
0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2YVR Crystal structure of MS1043 提交 2007-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
201–250（50 aa）
片段：zf-B_box domain, residues in database 201-250
链 B
201–250（50 aa）
片段：zf-B_box domain, residues in database 201-250
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；HEPES, PEG4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.218 |
| 6H3A Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain. 提交 2018-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
53–434（382 aa）
链 F
53–434（382 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.2 M Sodium Malonate, 0.5 % Jeffamine ED-2003 and 0.1 M HEPES pH 7.0
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.303 |
| 6I9H Solution structure of TRIM28 RING domain 提交 2018-11-23 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
54–145（92 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR测量条件
pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] TRIM28 RING, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6QAJ Structure of the tripartite motif of KAP1/TRIM28 提交 2018-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
56–413（358 aa）
链 B
56–413（358 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；15% (w/v) PEG 3350, 75 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.291 |
| 6QU1 Crystal structure of the KAP1 RBCC domain in complex with the SMARCAD1 CUE1 domain at 3.7 angstrom resolution. 提交 2019-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
53–142（90 aa）
链 A
203–434（232 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.346 |
| 7Z36 Crystal structure of the KAP1 tripartite motif in complex with the ZNF93 KRAB domain 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
56–140（85 aa）
链 B
56–140（85 aa）
|
突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted 突变：KAP1 B-box 1 domain (residues 141-202) deleted | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；11% (w/v) PEG 5000 MME
5% Tacsimate
0.1 M HEPES pH 7
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
485–490（6 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
485–490（6 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
483–493（11 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.236 |
共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | TIF1B_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 19–79； UniProt 619–679 |
