1fs8

CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE FROM WOLINELLA SUCCINOGENES-SULFATE COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fs8
沉积日期 deposition_date	2000-09-08
结构标题 title	CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE FROM WOLINELLA SUCCINOGENES-SULFATE COMPLEX
关键词 keywords	c-type cytochrome, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.72 Å
零角强度 I(0) i0	55088600.00
分子量 molecular_weight	57435.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71450 Å³
包络体积 envelope_volume	80627 Å³
水化壳体积 shell_volume	28801 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.64 Å
包络 Rg envelope_rg	23.25 Å
形状 Rg shape_rg	22.67 Å
总 Rg total_rg	23.76 Å
总原子数 total_atoms	4011
残基数 n_residues	471
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6864
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.9660
最高正则化参数 α highest_alpha	13150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.994; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME C NITRITE REDUCTASE
分子量 formula_weight	55343.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4661

SNINEREKERVALNKTAHSQGIEGKAMSEEWARYYPRQFDSWKKTKESDNITDMLKEKPALVVAWAGYPFSKDYNAPRGHYYALQDNINTLRTGAPVDGKTGPLPSACWTCKSPDVPRIIEQDGELEYFTGKWAKYGDEIVNTIGCYNCHDDKSAELKSKVPYLDRGLSAAGFKTFAESTHQEKRSLVCAQCHVEYYFKKTEWKDDKGVDKTAMVVTLPWSKGISTEQMEAYYDEINFADWTHGISKTPMLKAQHPDWELYKTGIHGQKGVSCADCHMPYTQEGAVKYSDHKVGNPLDNMDKSCMNCHRESEQKLKDIVKQKFERKEFLQDIAFDNIGKAHLETGKAMELGATDAELKEIRTHIRHAQWRADMAIAGHGSFFHAPEEVLRLLASGNEEAQKARIKLVKVLAKYGAIDYVAPDFETKEKAQKLAKVDMEAFIAEKLKFKQTLEQEWKKQAIAKGRLNPESLKGVDEKSSYYDKTKK

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	YTTRIUM ION
分子量 formula_weight	88.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	650

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1fs8a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1fs8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1fs8A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	119.010 Å
晶胞边长 b length_b	119.010 Å
晶胞边长 c length_c	186.525 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2060

fit	/app/data/saxs_computation/fs/1fs8/1fs8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fs/1fs8/1fs8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fs/1fs8/1fs8.dat