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1fsf

GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 1.9A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE

Escherichia coli

UniProt P0A759

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–266 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K 分辨率 1.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FSF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CD5 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER 提交 1999-03-05 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；sodium acetate, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
链 B 1–266（266 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–266（266 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–266（266 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1FQO GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE OF THE REVERSE REACTION FRUCTOSE 6-PHOSPHATE (OPEN FORM) 提交 2000-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
链 B 1–266（266 aa）
未记录 F6R FRUCTOSE -6-PHOSPHATE × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；sodium acetate, HEPES, fructose 6-phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1FRZ GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, R CONFORMER. COMPLEXED WITH THE ALLOSTERIC ACTIVATOR N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE AT 2.2 A RESOLUTION 提交 2000-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
链 B 1–266（266 aa）
未记录 16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
1FS5 A DISCOVERY OF THREE ALTERNATE CONFORMATIONS IN THE ACTIVE SITE OF GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE 提交 2000-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
链 B 1–266（266 aa）
未记录 16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；HEPES, sodium potassium tatrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
分辨率 1.73 Å R-free 0.251
1FS6 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 2.2A RESOLUTION 提交 2000-09-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1HOR STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
链 B 1–266（266 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 AGP 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–266（266 aa）
突变：F174A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.06 Å R-free 0.224
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–266（266 aa）
突变：F174A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.06 Å R-free 0.224
2WU1 Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites. 提交 2009-09-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–266（266 aa）
未记录 16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.191
2WU1 Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites. 提交 2009-09-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–266（266 aa）
未记录 16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.191

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAGB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fsf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fsf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fsf
沉积日期 deposition_date2000-09-08
结构标题 titleGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 1.9A RESOLUTION
关键词 keywordsALLOSTERIC ENZYME, ENTROPIC EFFECTS, ALDOSE-KETOSE ISOMERASE, ANISOTROPIC REFINEMENT, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.93 Å
零角强度 I(0) i015595300.00
分子量 molecular_weight29771.0 kDa
排除体积 excluded_volume37289 ų
包络体积 envelope_volume42011 ų
水化壳体积 shell_volume19374 ų
包络直径 envelope_diameter61.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.42 Å
包络 Rg envelope_rg18.10 Å
形状 Rg shape_rg17.93 Å
总 Rg total_rg18.88 Å
总原子数 total_atoms2092
残基数 n_residues266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.4 Å
Rg (实空间) rg_real19.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7066
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.6 Å
偏度 Skewness skewness0.084
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2949000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.182; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.961
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1fsfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.124 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.124.1 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
家族 Family familyc.124.1.1 — NagB-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1fsfA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1360 —
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)