SAXSdb — 1fsu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fsu
沉积日期 deposition_date	1996-07-29
结构标题 title	Crystal Structure of 4-Sulfatase (human)
关键词 keywords	SULFATASE, GLYCOSAMINOGLYCAN DEGRADATION, HYDROLASE, GLYCOPROTEIN, LYSOSOME; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.48 Å
零角强度 I(0) i0	48967200.00
分子量 molecular_weight	54784.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68633 Å³
包络体积 envelope_volume	77214 Å³
水化壳体积 shell_volume	28530 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.65 Å
包络 Rg envelope_rg	21.89 Å
形状 Rg shape_rg	21.45 Å
总 Rg total_rg	22.48 Å
总原子数 total_atoms	3869
残基数 n_residues	474
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.102
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N-ACETYLGALACTOSAMINE-4-SULFATASE
分子量 formula_weight	55819.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.6.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4139

SRPPHLVFLLADDLGWNDVGFHGSRIRTPHLDALAAGGVLLDNYYTQPLATPSRSQLLTGRYQIRTGLQHQIIWPCQPSCVPLDEKLLPQLLKEAGYTTHMVGKWHLGMYRKECLPTRRGFDTYFGYLLGSEDYYSHERCTLIDALNVTRCALDFRDGEEVATGYKNMYSTNIFTKRAIALITNHPPEKPLFLYLALQSVHEPLQVPEEYLKPYDFIQDKNRHHYAGMVSLMDEAVGNVTAALKSSGLWNNTVFIFSTDNGGQTLAGGNNWPLRGRKWSLWEGGVRGVGFVASPLLKQKGVKNRELIHISDWLPTLVKLARGHTNGTKPLDGFDVWKTISEGSPSPRIELLHNIDPNFVDSSPCPRNSMAPAKDDSSLPEYSAFNTSVHAAIRHGNWKLLTGYPGCGYWFPPPSQYNVSEIPSSDPPTKTLWLFDIDRDPEERHDLSREYPHIVTKLLSRLQFYHKHSVPVYFPAQDPRCDPKATGVWGPWM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	270

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1fsua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.76 — Alkaline phosphatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.76.1 — Alkaline phosphatase-like
家族 Family family	c.76.1.2 — Arylsulfatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1fsuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Alkaline Phosphatase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alkaline Phosphatase, subunit A

结构域编号 domain_id	1fsuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.000 Å
晶胞边长 b length_b	107.000 Å
晶胞边长 c length_c	144.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/fs/1fsu/1fsu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fs/1fsu/1fsu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fs/1fsu/1fsu.dat

Crystal Structure of 4-Sulfatase (human)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction