SAXSdb — 1ft5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C554

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–235	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.1；295 K；62.5% w/vol potassium phosphate pH 10.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1FT5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BVB HEME-PACKING MOTIFS REVEALED BY THE CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA 提交 1998-09-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–235（211 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.1；pH 10.1	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
1FT6 REDUCED STATE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA 提交 2000-09-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–235（211 aa）	未记录	SO3 SULFITE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEC HEME C × 4 DTN DITHIONITE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.1；295 K；62.5% w/vol potassium phosphate pH 10.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C554_NITEU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 25–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ft5
沉积日期 deposition_date	2000-09-11
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXIDIZED STATE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA
关键词 keywords	heme-stacking, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.73 Å
零角强度 I(0) i0	13099500.00
分子量 molecular_weight	26368.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32591 Å³
包络体积 envelope_volume	37110 Å³
水化壳体积 shell_volume	17560 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.85 Å
包络 Rg envelope_rg	18.18 Å
形状 Rg shape_rg	17.69 Å
总 Rg total_rg	18.73 Å
总原子数 total_atoms	1846
残基数 n_residues	211
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7579
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.113
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6096000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 0.986; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME C554
分子量 formula_weight	23656.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1988

ADAPFEGRKKCSSCHKAQAQSWKDTAHAKAMESLKPNVKKEAKQKAKLDPAKDYTQDKDCVGCHVDGFGQKGGYTIESPKPMLTGVGCESCHGPGRNFRGDHRKSGQAFEKSGKKTPRKDLAKKGQDFHFEERCSACHLNYEGSPWKGAKAPYTPFTPEVDAKYTFKFDEMVKEVKAMHEHYKLEGVFEGEPKFKFHDEFQASAKPAKKGK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ft5a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ft5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	147.892 Å
晶胞边长 b length_b	147.892 Å
晶胞边长 c length_c	33.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/ft/1ft5/1ft5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ft/1ft5/1ft5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ft/1ft5/1ft5.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXIDIZED STATE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C554

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction