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1fw4

CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI FRAGMENT TR2C FROM CALMODULIN TO 1.7 A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 42.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALMODULIN

Bos taurus

UniProt P62157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 78–148 片段：C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 78-148) CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, calcium chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FW4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A29 CALMODULIN COMPLEXED WITH TRIFLUOPERAZINE (1:2 COMPLEX) 提交 1998-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP TECHNIQUE IN THE COLD ROOM (8 DEGREES C +/- 2 DEGREES C) BY MIXING 4 MICROLITERS OF 1 MM PROTEIN CONTAINING 1.2-1.5 MM TFP IN 5 MM CACL2 WITH 4 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION (1 ML 10 MM SODIUM CACODYLATE/HCL BUFFER, PH 5.2-5.6 WITH 10 MM CACL2, 25-30 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000), CRYSTAL GROWTH TOOK 2-3 WEEKS., pH 5.0
分辨率 2.74 Å R-free 0.265
1AK8 NMR SOLUTION STRUCTURE OF CERIUM-LOADED CALMODULIN AMINO-TERMINAL DOMAIN (CE2-TR1C), 23 STRUCTURES 提交 1997-05-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–75（75 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, TR1C
未记录 CE CERIUM (III) ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K
分辨率未提供
1CDM MODULATION OF CALMODULIN PLASTICITY IN MOLECULAR RECOGNITION ON THE BASIS OF X-RAY STRUCTURES 提交 1993-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–147（144 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1CMF NMR SOLUTION STRUCTURE OF APO CALMODULIN CARBOXY-TERMINAL DOMAIN 提交 1995-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–148（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CMG NMR SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM-LOADED CALMODULIN CARBOXY-TERMINAL DOMAIN 提交 1995-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–148（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LIN CALMODULIN COMPLEXED WITH TRIFLUOPERAZINE (1:4 COMPLEX) 提交 1995-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1PRW Crystal structure of bovine brain Ca++ calmodulin in a compact form 提交 2003-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；296 K；PEG 6000, sodium acetate, glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
1XA5 Structure of Calmodulin in complex with KAR-2, a bis-indol alkaloid 提交 2004-08-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 KAR 3"-(BETA-CHLOROETHYL)-2",4"-DIOXO-3, 5"-SPIRO-OXAZOLIDINO-4-DEACETOXY-VINBLASTINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；279 K；CaCl2, MgCl2, cacodylate, PEG 8000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.12 Å R-free 0.261
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–148（149 aa）
链 B 0–148（149 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.17 Å R-free 0.289
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–148（149 aa）
链 B 0–148（149 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.17 Å R-free 0.289
2F2P Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–148（149 aa）
链 B 0–148（149 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2F2P Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–148（149 aa）
链 B 0–148（149 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2FOT Crystal structure of the complex between calmodulin and alphaII-spectrin 提交 2006-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–148（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50mM Tris,pH 8.00, 30% PEG 8000, 0.1M ammonium-sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.45 Å R-free 0.269
3IF7 Structure of Calmodulin complexed with its first endogenous inhibitor, sphingosylphosphorylcholine 提交 2009-07-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–149（148 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SPU 2-{[(R)-{[(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-N,N,N-trimethylethanaminium × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；50mM sodium cacodylate, 10mM CaCl2, 10mM MgCl2, 28% PEG 8000: Mixed with 10mM lipid in methanol solution and 1mM protein solution, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.238
6O20 Cryo-EM structure of TRPV5 with calmodulin bound 提交 2019-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–149（149 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–71； UniProt 78–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fw4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fw4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fw4
沉积日期 deposition_date2000-09-21
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI FRAGMENT TR2C FROM CALMODULIN TO 1.7 A RESOLUTION
关键词 keywordsEF-hand, Helix-loop-helix, Fragment, Calcium, TR2C, C-terminal domain, Calmodulin, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.75 Å
零角强度 I(0) i01494230.00
分子量 molecular_weight7566.0 kDa
排除体积 excluded_volume9189 ų
包络体积 envelope_volume10787 ų
水化壳体积 shell_volume8166 ų
包络直径 envelope_diameter42.8 Å
壳层 Rg shell_rg16.78 Å
包络 Rg envelope_rg12.13 Å
形状 Rg shape_rg11.75 Å
总 Rg total_rg13.03 Å
总原子数 total_atoms526
残基数 n_residues65
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.1 Å
Rg (实空间) rg_real13.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5430e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1494000.0000
解质量估计 total_estimate0.8199
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.6 Å
偏度 Skewness skewness0.120
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha138000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1fw4a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1fw4A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)