SAXSdb — 1fwf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fwf
沉积日期 deposition_date	1997-04-23
结构标题 title	KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319D VARIANT
关键词 keywords	HYDROLASE(UREA AMIDO), MUTANT, NICKEL METALLOENZYME, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.75 Å
零角强度 I(0) i0	107520000.00
分子量 molecular_weight	80845.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100840 Å³
包络体积 envelope_volume	120980 Å³
水化壳体积 shell_volume	35514 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.59 Å
包络 Rg envelope_rg	28.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.76 Å
总 Rg total_rg	29.34 Å
总原子数 total_atoms	5677
残基数 n_residues	751
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	93.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.818

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	UREASE
分子量 formula_weight	11100.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
突变 mutation	C(C 319)D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5962

MELTPREKDKLLLFTAALVAERRLARGLKLNYPESVALISAFIMEGARDGKSVASLMEEGRHVLTREQVMEGVPEMIPDIQVEATFPDGSKLVTVHNPII

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28451
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	UREASE
分子量 formula_weight	11712.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
突变 mutation	C(C 319)D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIPGEYHVKPGQIALNTGRATCRVVVENHGDRPIQVGSHYHFAEVNPALKFDRQQAAGYRLNIPAGTAVRFEPGQKREVELVAFAGHRAVFGFRGEVMGPLEVNDE

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28451
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	UREASE
分子量 formula_weight	60421.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
突变 mutation	C(C 319)D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSNISRQAYADMFGPTVGDKVRLADTELWIEVEDDLTTYGEEVKFGGGKVIRDGMGQGQMLAADCVDLVLTNALIVDHWGIVKADIGVKDGRIFAIGKAGNPDIQPNVTIPIGAATEVIAAEGKIVTAGGIDTHIHWICPQQAEEALVSGVTTMVGGGTGPAAGTHATTCTPGPWYISRMLQAADSLPVNIGLLGKGNVSQPDALREQVAAGVIGLKIHEDWGATPAAIDCALTVADEMDIQVALHSDTLNESGFVEDTLAAIGGRTIHTFHTEGAGGGHAPDIITACAHPNILPSSTNPTLPYTLNTIDEHLDMLMVDHHLDPDIAEDVAFAESRIRRETIAAEDVLHDLGAFSLTSSDSQAMGRVGEVILRTWQVAHRMKVQRGALAEETGDNDNFRVKRYIAKYTINPALTHGIAHEVGSIEVGKLADLVVWSPAFFGVKPATVIKGGMIAIAPMGDINASIPTPQPVHYRPMFGALGSARHHCRLTFLSQAAAANGVAERLNLRSAIAVVKGCRTVQKADMVHNSLQPNITVDAQTYEVRVDGELITSEPADVLPMAQRYFLF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28451
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	285

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1fwfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.8 — Urease, gamma-subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.8.1 — Urease, gamma-subunit
家族 Family family	d.8.1.1 — Urease, gamma-subunit

结构域编号 domain_id	d1fwfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.3 — Urease, beta-subunit
家族 Family family	b.85.3.1 — Urease, beta-subunit

结构域编号 domain_id	d1fwfc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.92 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	b.92.1 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	b.92.1.1 — alpha-Subunit of urease

结构域编号 domain_id	d1fwfc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.2 — alpha-subunit of urease, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1fwfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	1fwfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	150 — Urease, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, beta subunit

结构域编号 domain_id	1fwfC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	1fwfC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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7. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	170.800 Å
晶胞边长 b length_b	170.800 Å
晶胞边长 c length_c	170.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/fw/1fwf/1fwf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fw/1fwf/1fwf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fw/1fwf/1fwf.dat

KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319D VARIANT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (5)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)