1fzj

MHC CLASS I NATURAL MUTANT H-2KBM1 HEAVY CHAIN COMPLEXED WITH BETA-2 MICROGLOBULIN AND VESICULAR STOMATITIS VIRUS NUCLEOPROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–295 片段:EXTRACELLULAR DOMAIN 突变:A152E, Y155R, Y156L 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 (P01887) NUCLEOCAPSID PROTEIN × 1 (P11212) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–295 片段:EXTRACELLULAR DOMAIN 突变:A152E, Y155R, Y156L 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) BETA-2-MICROGLOBULIN × 2 (P01887) NUCLEOCAPSID PROTEIN × 2 (P11212) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、139 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–274; UniProt 22–295

BETA-2-MICROGLOBULIN

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN × 1 (P01901) NUCLEOCAPSID PROTEIN × 1 (P11212) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN × 2 (P01901) NUCLEOCAPSID PROTEIN × 2 (P11212) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、482 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

NUCLEOCAPSID PROTEIN

物种未注明

UniProt P11212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 52–59 片段:RESIDUES 52-59 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN × 1 (P01901) BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 (P01887) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 52–59 片段:RESIDUES 52-59 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, K-B ALPHA CHAIN × 2 (P01901) BETA-2-MICROGLOBULIN × 2 (P01887) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.4;290 K;K/Na phosphate, MPD, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 1.90 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCAP_VSVIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 52–59

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fzj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fzj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fzj
沉积日期 deposition_date2000-10-03
结构标题 titleMHC CLASS I NATURAL MUTANT H-2KBM1 HEAVY CHAIN COMPLEXED WITH BETA-2 MICROGLOBULIN AND VESICULAR STOMATITIS VIRUS NUCLEOPROTEIN
关键词 keywordsmajor histocompatibility complex peptide-MHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.89
零角强度 I(0) i036252700.00
分子量 molecular_weight45564.0 kDa
排除体积 excluded_volume56586 ų
包络体积 envelope_volume69328 ų
水化壳体积 shell_volume25131 ų
包络直径 envelope_diameter77.2
壳层 Rg shell_rg30.01
包络 Rg envelope_rg23.19
形状 Rg shape_rg22.87
总 Rg total_rg23.81
总原子数 total_atoms3209
残基数 n_residues380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.3
Rg (实空间) rg_real23.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real3.6250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36250000.0000
解质量估计 total_estimate0.9020
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.8
偏度 Skewness skewness0.239
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10010000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1fzja1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1fzja2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1fzjb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1fzjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1fzjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1fzjB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)