SAXSdb — 1g4h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE

Sphingomonas paucimobilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–296	突变：R291(2MR) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1BO 1-BUTANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；298 K；18-20% PEG 6000, 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1G4H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CV2 Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 AT 1.6 A resolution 提交 1999-08-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；19% (W/V) PEG 6000, 100 MM TRIS-HCL, 200MM CA ACETATE, PH=8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 278K	分辨率 1.58 Å R-free 0.211
1D07 Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution 提交 1999-09-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 2 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；19% (W/V) PEG 6000, 100 MM TRIS-HCL, 200MM CA ACETATE, PH=8.9 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. CRYSTAL WAS SOAKED 4 HOURS IN RESERVOIR LIQUOR WITH 25MM 1,3-DIBROMPROPANE AT 278K	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
1G42 STRUCTURE OF 1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE (LINB) FROM SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS COMPLEXED WITH 1,2-DICHLOROPROPANE 提交 2000-10-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 CP2 1,2-DICHLORO-PROPANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.9, 18-20%(w/v) PEG 6000, 0.2 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.80 Å R-free 0.193
1G5F STRUCTURE OF LINB COMPLEXED WITH 1,2-DICHLOROETHANE 提交 2000-11-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 DCE 1,2-DICHLOROETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；0.2 M Calcium Acetate, 18-20% PEG 6000, 0.1 M Tris Buffer pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
1IZ7 Re-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 AT 1.6 A resolution 提交 2002-09-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–296（295 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.178
1IZ8 Re-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution 提交 2002-09-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–296（295 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1K5P Hydrolytic haloalkane dehalogenase LINB from sphingomonas paucimobilis UT26 at 1.8A resolution 提交 2001-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–296（295 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
1K63 Complex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis with UT26 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL at 1.8A resolution 提交 2001-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–296（295 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 BRP 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；PEG 4000, magnesium chloride, TRIS , pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.200
1K6E COMPLEX OF HYDROLYTIC HALOALKANE DEHALOGENASE LINB FROM SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS UT26 WITH 1,2-PROPANEDIOL (PRODUCT OF DEHALOGENATION OF 1,2-DIBROMOPROPANE) AT 1.85A 提交 2001-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–296（295 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 1 1BP 1-BROMOPROPANE-2-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；289 K；PEG 4000,magnesium chloride, TRIS, pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.201
1MJ5 LINB (haloalkane dehalogenase) from sphingomonas paucimobilis UT26 at atomic resolution 提交 2002-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 0.95 Å R-free 0.141
2BFN The crystal structure of the complex of the haloalkane dehalogenase LinB with the product of dehalogenation reaction 1,2-dichloropropane. 提交 2004-12-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–296（296 aa）	未记录	D2P (2S)-2,3-DICHLOROPROPAN-1-OL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.171
4WDQ Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB32 mutant (L177W) from Sphingobium japonicum UT26 提交 2014-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：MONOMERIC	链 A 2–296（295 aa）	突变：L177W	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1M MES; 0.2M MgCl2; 25% PEG3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.206

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LINB_PSEPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–296； UniProt 1–296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g4h
沉积日期 deposition_date	2000-10-27
结构标题 title	LINB COMPLEXED WITH BUTAN-1-OL
关键词 keywords	LinB Haloalkane dehalogenase halocarbon, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.47 Å
零角强度 I(0) i0	18680400.00
分子量 molecular_weight	33169.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41493 Å³
包络体积 envelope_volume	44294 Å³
水化壳体积 shell_volume	20434 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.53 Å
包络 Rg envelope_rg	17.68 Å
形状 Rg shape_rg	17.45 Å
总 Rg total_rg	18.45 Å
总原子数 total_atoms	2337
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8112
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.038
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.459
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7561000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE
分子量 formula_weight	33171.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.-
突变 mutation	R291(2MR)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2602

MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCAGLGRLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERYAYAEHRDYLDALWEALDLGDRVVLVVHDWGSALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGEELVLQDNVFVEQVLPGLILRPLSEAEMAAYREPFLAAGEARRPTLSWPRQIPIAGTPADVVAIARDYAGWLSESPIPKLFINAEPGALTTGRMRDFCRTWPNQTEITVAGAHFIQEDSPDEIGAAIAAFVRRLRPA

来源 Source

来源生物 organism	Sphingomonas paucimobilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13689
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-BUTANOL
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1g4ha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1g4hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	50.800 Å
晶胞边长 b length_b	72.040 Å
晶胞边长 c length_c	73.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	17.450 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2010

fit	/app/data/saxs_computation/g4/1g4h/1g4h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g4/1g4h/1g4h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g4/1g4h/1g4h.dat

LINB COMPLEXED WITH BUTAN-1-OL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction