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1g6a

PSE-4 CARBENICILLINASE, R234K MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-LACTAMASE PSE-4

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P16897

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–288 突变：R234K SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.75 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1G6A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1G68 PSE-4 CARBENICILLINASE, WILD TYPE 提交 2000-11-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–288（271 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, MgCl2, MOPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.212
4ID4 Crystal structure of chimeric beta-lactamase cTEM-17m 提交 2012-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 145–185（41 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% PEG 4000, 0.25M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.05 Å R-free 0.138
4QY5 Crystal structures of chimeric beta-lactamase cTEM-19m showing different conformations 提交 2014-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–64（2 aa）
链 A 145–185（41 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.50 Å R-free 0.161
4QY6 Crystal structures of chimeric beta-lactamase cTEM-19m showing different conformations 提交 2014-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–64（2 aa）
链 A 145–185（41 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.15 Å R-free 0.139
4R4R Crystal structure of chimeric beta-lactamase cTEM-19m at 1.2 angstrom resolution 提交 2014-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–64（2 aa）
链 A 145–185（41 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.20 Å R-free 0.138
4R4S Crystal structure of chimeric beta-lactamase cTEM-19m at 1.1 angstrom resolution 提交 2014-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–64（2 aa）
链 A 145–185（41 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.10 Å R-free 0.128
8J6Y Crystal structure of class A beta-lactamase PSE-4 WT- Apo state 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–288（288 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.272

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLP4_PSEAE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 18–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1g6a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1g6a
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1g6a
沉积日期 deposition_date2000-11-03
结构标题 titlePSE-4 CARBENICILLINASE, R234K MUTANT
关键词 keywordsclass A beta-lactamase, carbenicillinase, R234K mutant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.76 Å
零角强度 I(0) i015177500.00
分子量 molecular_weight29028.0 kDa
排除体积 excluded_volume36249 ų
包络体积 envelope_volume40644 ų
水化壳体积 shell_volume18887 ų
包络直径 envelope_diameter61.9 Å
壳层 Rg shell_rg24.34 Å
包络 Rg envelope_rg18.16 Å
形状 Rg shape_rg17.77 Å
总 Rg total_rg18.70 Å
总原子数 total_atoms2041
残基数 n_residues266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15180000.0000
解质量估计 total_estimate0.8031
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.9 Å
偏度 Skewness skewness0.220
峰度 Kurtosis kurtosis-0.296
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3380000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1g6aa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1g6aA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)