1ga1

;CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSCP (PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE) COMPLEXED WITH A FRAGMENT OF IODOTYROSTATIN (THIS ENZYME RENAMED "SEDOLISIN" IN 2003) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ga1
沉积日期 deposition_date	2000-11-29
结构标题 title	;CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSCP (PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE) COMPLEXED WITH A FRAGMENT OF IODOTYROSTATIN (THIS ENZYME RENAMED "SEDOLISIN" IN 2003) ;
关键词 keywords	SERINE-CARBOXYL PROTEINASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.48 Å
零角强度 I(0) i0	28297300.00
分子量 molecular_weight	38827.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47477 Å³
包络体积 envelope_volume	52030 Å³
水化壳体积 shell_volume	22497 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.94 Å
包络 Rg envelope_rg	18.76 Å
形状 Rg shape_rg	18.46 Å
总 Rg total_rg	19.44 Å
总原子数 total_atoms	2734
残基数 n_residues	372
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5603000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	SERINE-CARBOXYL PROTEINASE
分子量 formula_weight	38446.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3221

AAGTAKGHNPTEFPTIYDASSAPTAANTTVGIITIGGVSQTLQDLQQFTSANGLASVNTQTIQTGSSNGDYSDDQQGQGEWDLDSQSIVGSAGGAVQQLLFYMADQSASGNTGLTQAFNQAVSDNVAKVINVSLGWCEADANADGTLQAEDRIFATAAAQGQTFSVSSGDEGVYECNNRGYPDGSTYSVSWPASSPNVIAVGGTTLYTTSAGAYSNETVWNEGLDSNGKLWATGGGYSVYESKPSWQSVVSGTPGRRLLPDISFDAAQGTGALIYNYGQLQQIGGTSLASPIFVGLWARLQSANSNSLGFPAASFYSAISSTPSLVHDVKSGNNGYGGYGYNAGTGWDYPTGWGSLDIAKLSAYIRSNGFGH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	306
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	FRAGMENT OF IODOTYROSTATIN
分子量 formula_weight	461.3 kDa
突变 mutation	T2(PHI)
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XFX

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	422

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ga1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.2 — Serine-carboxyl proteinase, SCP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ga1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	97.190 Å
晶胞边长 b length_b	97.190 Å
晶胞边长 c length_c	83.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1080
R_work r_work	0.1130
R_free r_free	0.1358

fit	/app/data/saxs_computation/ga/1ga1/1ga1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/1ga1/1ga1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/1ga1/1ga1.dat

;CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PSCP (PSEUDOMONAS SERINE-CARBOXYL PROTEINASE) COMPLEXED WITH A FRAGMENT OF IODOTYROSTATIN (THIS ENZYME RENAMED "SEDOLISIN" IN 2003) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)