1gd8

THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIA-SPECIFIC L17 RIBOSOMAL PROTEIN.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L17

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL17_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 D； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 E； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 F； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 G； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 H； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 I； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gd8
沉积日期 deposition_date	2000-09-22
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIA-SPECIFIC L17 RIBOSOMAL PROTEIN.
关键词 keywords	;TWO DOMAINS, RIBOSOMAL PROTEIN S8-LIKE DOMAIN, TRP REPRESSOR-LIKE DOMAIN, HELIX-TURN-HELIX MOTIF, TWO TYPES OF DIMERS, FOUR DIMERS OF EACH TYPE., RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, RIBOSOME ;; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gd8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gd8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gd8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.58 Å
Rg（电子密度）	14.30 Å
总 Rg	15.43 Å
原子数	855
残基数	105
排除体积	15258 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gd8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gd8__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1gd8__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1gd8__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1gd8__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1gd8__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1gd8__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1gd8__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`1gd8__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1gd8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	d1gd8i_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.188 — Prokaryotic ribosomal protein L17
超家族 Superfamily superfamily	d.188.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17
家族 Family family	d.188.1.1 — Prokaryotic ribosomal protein L17

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1gd8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

结构域编号 domain_id	1gd8I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1030 — 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L17

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晶胞边长 a length_a	109.239 Å
晶胞边长 b length_b	109.239 Å
晶胞边长 c length_c	128.841 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2540

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
分子量 formula_weight	13750.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	7852

THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIA-SPECIFIC L17 RIBOSOMAL PROTEIN.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gd8__assembly_1__model_1

1gd8__assembly_1__model_1 | I(q)

1gd8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIA-SPECIFIC L17 RIBOSOMAL PROTEIN.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gd8__assembly_1__model_1

1gd8__assembly_1__model_1 | I(q)

1gd8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)