SAXSdb — 1ghi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-LACTAMASE

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–281	突变：E166D, N170Q	CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GHI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ALQ CIRCULARLY PERMUTED BETA-LACTAMASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1 提交 1997-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–244（220 aa）	突变：;CIRCULARLY PERMUTED WITH AN EIGHT RESIDUE LINKER INSERTED TO JOIN THE ORIGINAL N- AND C-TERMINI, AND A NEW N-TERMINUS AT RESIDUE 254 ;	SO4 SULFATE ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 70% SATURATED AMMONIUM SULFATE SOLUTION, 0.3M KCL, 100MM NAHCO3 AT PH8.0, 0.5% V/V PEG600	分辨率 1.80 Å R-free 0.256
1BLC INHIBITION OF BETA-LACTAMASE BY CLAVULANATE: TRAPPED INTERMEDIATES IN CRYOCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1993-09-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–281（257 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CEM N-(1-CARBOXY-2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-CISPROPENYL)AMINE × 2 TEM N-(2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-TRANSPROPENYL)AMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BLH STRUCTURE OF A PHOSPHONATE-INHIBITED BETA-LACTAMASE. AN ANALOG OF THE TETRAHEDRAL TRANSITION STATE(SLASH)INTERMEDIATE OF BETA-LACTAM HYDROLYSIS 提交 1993-09-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	未记录	FOS [[N-(BENZYLOXYCARBONYL)AMINO]METHYL]PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BLP STRUCTURAL BASIS FOR THE INACTIVATION OF THE P54 MUTANT OF BETA-LACTAMASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1 提交 1993-09-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：D170N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1DJA STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE PRECURSOR, K73H MUTANT, AT 298K 提交 1996-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：A30M, K73H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1DJB STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE PRECURSOR, S70A MUTANT, AT 298K 提交 1996-08-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：S70A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DJC STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE PRECURSOR, S70A MUTANT, AT 120K 提交 1996-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：S70A	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1GHM Structures of the acyl-enzyme complex of the staphylococcus aureus beta-lactamase mutant GLU166ASP:ASN170GLN with degraded cephaloridine 提交 2000-12-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：E166D, N170Q	SO4 SULFATE ION × 5 CO3 CARBONATE ION × 1 CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.86 Å R-free 0.241
1GHP STRUCTURES OF THE ACYL-ENZYME COMPLEX OF THE STAPHYLOCOCCUS AUREUS BETA-LACTAMASE MUTANT GLU166ASP:ASN170GLN WITH DEGRADED BENZYLPENICILLIN 提交 2000-12-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：E166D, N170Q	SO4 SULFATE ION × 4 PNM OPEN FORM - PENICILLIN G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 1.76 Å R-free 0.264
1KGE STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE ASN 170 MET MUTANT 提交 1996-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：N170M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1KGF STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE ASN 170 GLN MUTANT 提交 1996-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	突变：N170Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1KGG STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE GLU166GLN:ASN170ASP MUTANT 提交 1999-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–281（258 aa）	突变：E166Q,N170D	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1OME CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMEGA LOOP DELETION MUTANT (RESIDUES 163-178 DELETED) OF BETA-LACTAMASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1 提交 1998-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–281（257 aa）链 B 25–281（257 aa）	突变：DELETION OF AN OMEGA LOOP (RESIDUES 163 - 178) 突变：DELETION OF AN OMEGA LOOP (RESIDUES 163 - 178)	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；68% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.5% PEG 1000, 0.3M KCL, 0.1M SODIUM BICARBONATE PH 8.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.298
1PIO AN ENGINEERED STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1 BETA-LACTAMASE THAT HYDROLYSES THIRD GENERATION CEPHALOSPORINS 提交 1995-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–281（257 aa）链 B 25–281（257 aa）	突变：INS(MET 30), A238S, DEL(I239) 突变：INS(MET 30), A238S, DEL(I239)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.189
3BLM REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS PC1 AT 2.0 提交 1990-12-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–281（257 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BLAC_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–258； UniProt 25–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ghi
沉积日期 deposition_date	2000-12-18
结构标题 title	STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE GLU166ASP:ASN170GLN MUTANT
关键词 keywords	HYDROLASE, ANTIBIOTIC RESISTANCE, BETA-LACTAM HYDROLYSIS; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.70 Å
零角强度 I(0) i0	13765500.00
分子量 molecular_weight	28869.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36705 Å³
包络体积 envelope_volume	40648 Å³
水化壳体积 shell_volume	18964 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.17 Å
包络 Rg envelope_rg	17.98 Å
形状 Rg shape_rg	17.68 Å
总 Rg total_rg	18.77 Å
总原子数 total_atoms	2033
残基数 n_residues	257
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7751
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4054000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-LACTAMASE
分子量 formula_weight	28974.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	E166D, N170Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2171

MKELNDLEKKYNAHIGVYALDTKSGKEVKFNSDKRFAYASTSKAINSAILLEQVPYNKLNKKVHINKDDIVAYSPILEKYVGKDITLKALIEASMTYSDNTANNKIIKEIGGIKKVKQRLKELGDKVTNPVRYDIELQYYSPKSKKDTSTPAAFGKTLNKLIANGKLSKENKKFLLDLMLNNKSGDTLIKDGVPKDYKVADKSGQAITYASRNDVAFVYPKGQSEPIVLVIFTNKDNKSDKPNDKLISETAKSVMKEF

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ghia_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ghiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	54.000 Å
晶胞边长 b length_b	93.800 Å
晶胞边长 c length_c	139.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1530
R_work r_work	0.1530
R_free r_free	0.2630

fit	/app/data/saxs_computation/gh/1ghi/1ghi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gh/1ghi/1ghi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gh/1ghi/1ghi.dat

STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE GLU166ASP:ASN170GLN MUTANT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-LACTAMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction