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HUMAN GLYCOSYLATION-INHIBITING FACTOR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLYCOSYLATION-INHIBITING FACTOR

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–114 链 B; UniProt 1–114 链 C; UniProt 1–114 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、132 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–115; UniProt 1–114 作者链 B; PDB构建体 2–115; UniProt 1–114 作者链 C; PDB构建体 2–115; UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gif

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gif
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gif
沉积日期 deposition_date1996-02-27
结构标题 titleHUMAN GLYCOSYLATION-INHIBITING FACTOR
关键词 keywordsMACROPHAGE, INFLAMMATORY RESPONSE, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.78
零角强度 I(0) i024151200.00
分子量 molecular_weight37432.0 kDa
排除体积 excluded_volume46723 ų
包络体积 envelope_volume51969 ų
水化壳体积 shell_volume22363 ų
包络直径 envelope_diameter56.7
壳层 Rg shell_rg25.89
包络 Rg envelope_rg18.78
形状 Rg shape_rg18.79
总 Rg total_rg19.64
总原子数 total_atoms2625
残基数 n_residues345
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.0
Rg (实空间) rg_real19.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real2.4150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24150000.0000
解质量估计 total_estimate0.8984
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.9
偏度 Skewness skewness0.003
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4867000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1gifa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd1gifb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd1gifc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1gifA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id1gifB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id1gifC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)