SAXSdb — 1gjz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–51 链 B； UniProt 1–51	片段：RESIDUES 1-51	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）800MM SODIUM SULPHATE；压力 1	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GJZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMX STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFICITY OF UBIQUITIN C-TERMINAL HYDROLASES 提交 1999-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–75（75 aa）片段：ALL 链 D 1–75（75 aa）片段：ALL	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；16% PEG 6000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.4, pH 4.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.285
1UD7 SOLUTION STRUCTURE OF THE DESIGNED HYDROPHOBIC CORE MUTANT OF UBIQUITIN, 1D7 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–116（76 aa）	突变：I3V,V5L,I13V,L15I,I23V,V26F,I67L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；303 K；压力 1	分辨率未提供
1UZX A complex of the Vps23 UEV with ubiquitin 提交 2004-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M MES PH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4	分辨率 1.85 Å R-free 0.274

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–53； UniProt 1–51 作者链 B； PDB构建体 3–53； UniProt 1–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gjz
沉积日期 deposition_date	2001-08-06
结构标题 title	Solution structure of a dimeric N-terminal fragment of human ubiquitin
关键词 keywords	UBIQUITIN, DIMER, PROTEIN DISSECTION; UBIQUITIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.27 Å
零角强度 I(0) i0	461733000.00
分子量 molecular_weight	188280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239030 Å³
包络体积 envelope_volume	25100 Å³
水化壳体积 shell_volume	14159 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.2 Å
壳层 Rg shell_rg	20.85 Å
包络 Rg envelope_rg	15.14 Å
形状 Rg shape_rg	13.26 Å
总 Rg total_rg	13.51 Å
总原子数 total_atoms	27072
残基数 n_residues	1696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.2 Å
Rg (实空间) rg_real	13.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	461700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	191800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1gjza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d1gjzb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1gjzA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1gjzB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	UBIQUITIN
分子量 formula_weight	5891.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	27072

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Solution structure of a dimeric N-terminal fragment of human ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/gj/1gjz/1gjz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/1gjz/1gjz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/1gjz/1gjz.dat