SAXSdb — 1gl2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOBREVIN

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SYNTAXIN 7 × 1 （O70439） VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1 × 1 （O88384） SYNTAXIN 8 × 1 （Q9Z2Q7） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WUF4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–65； UniProt 6–66

SYNTAXIN 7

MUS MUSCULUS

UniProt O70439

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ENDOBREVIN × 1 （Q9WUF4） VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1 × 1 （O88384） SYNTAXIN 8 × 1 （Q9Z2Q7） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O70439
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–65； UniProt 169–229

VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1

MUS MUSCULUS

UniProt O88384

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ENDOBREVIN × 1 （Q9WUF4） SYNTAXIN 7 × 1 （O70439） SYNTAXIN 8 × 1 （Q9Z2Q7） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTL1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–65； UniProt 140–200

SYNTAXIN 8

RATTUS NORVEGICUS

UniProt Q9Z2Q7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ENDOBREVIN × 1 （Q9WUF4） SYNTAXIN 7 × 1 （O70439） VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1 × 1 （O88384） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STX8_RAT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 5–65； UniProt 149–209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gl2
沉积日期 deposition_date	2001-08-22
结构标题 title	Crystal structure of an endosomal SNARE core complex
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE FUSION PROTEIN COMPLEX, COILED COIL, TRANSMEMBRANE, TRANSPORT; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gl2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gl2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gl2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.93 Å
Rg（电子密度）	25.32 Å
总 Rg	25.74 Å
原子数	1792
残基数	229
排除体积	31263 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gl2__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDOBREVIN
分子量 formula_weight	7361.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2026

GSHMSAGNDRVRNLQSEVEGVKNIMTQNVERILARGENLDHLRNKTEDLEATSEHFKTTSQKVAR

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SYNTAXIN 7
分子量 formula_weight	7325.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMHERESSIRQLEADIMDINEIFKDLGMMIHEQGDVIDSIEANVESAEVHVQQANQQLSRAAN

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1
分子量 formula_weight	7551.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSHMNRATQSIERSHRIATETDQIGTEIIEELGEQRDQLERTKSRLVNTNENLSKSRKILRSMSR

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SYNTAXIN 8
分子量 formula_weight	7346.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSHMQEQDAGLDALSSIISRQKQMGQEIGNELDEQNEIIDDLANLVENTDEKLRTEARRVTLVDR

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1gl2a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2c1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1gl2d_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gl2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	50.700 Å
晶胞边长 b length_b	41.100 Å
晶胞边长 c length_c	51.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	14.900 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2240

Crystal structure of an endosomal SNARE core complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOBREVIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SYNTAXIN 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SYNTAXIN 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gl2__assembly_1__model_1

1gl2__assembly_1__model_1 | I(q)

1gl2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)