SAXSdb — 1gl2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gl2
沉积日期 deposition_date	2001-08-22
结构标题 title	Crystal structure of an endosomal SNARE core complex
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE FUSION PROTEIN COMPLEX, COILED COIL, TRANSMEMBRANE, TRANSPORT; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.32 Å
零角强度 I(0) i0	13394000.00
分子量 molecular_weight	25610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31263 Å³
包络体积 envelope_volume	38421 Å³
水化壳体积 shell_volume	15191 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.96 Å
包络 Rg envelope_rg	26.20 Å
形状 Rg shape_rg	25.28 Å
总 Rg total_rg	25.74 Å
总原子数 total_atoms	1792
残基数 n_residues	229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.1 Å
Rg (实空间) rg_real	25.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5943
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.733
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.151
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.227; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.041; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ENDOBREVIN
分子量 formula_weight	7361.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2026

GSHMSAGNDRVRNLQSEVEGVKNIMTQNVERILARGENLDHLRNKTEDLEATSEHFKTTSQKVAR

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	SYNTAXIN 7
分子量 formula_weight	7325.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMHERESSIRQLEADIMDINEIFKDLGMMIHEQGDVIDSIEANVESAEVHVQQANQQLSRAAN

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	VESICLE TRANSPORT V-SNARE PROTEIN VTI1-LIKE 1
分子量 formula_weight	7551.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSHMNRATQSIERSHRIATETDQIGTEIIEELGEQRDQLERTKSRLVNTNENLSKSRKILRSMSR

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 4 polymer

描述 description	SYNTAXIN 8
分子量 formula_weight	7346.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSHMQEQDAGLDALSSIISRQKQMGQEIGNELDEQNEIIDDLANLVENTDEKLRTEARRVTLVDR

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1gl2a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2c1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1gl2c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1gl2d_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gl2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1gl2D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.700 Å
晶胞边长 b length_b	41.100 Å
晶胞边长 c length_c	51.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	14.900 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/gl/1gl2/1gl2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/1gl2/1gl2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/1gl2/1gl2.dat

Crystal structure of an endosomal SNARE core complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)