SAXSdb — 1gm5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gm5
沉积日期 deposition_date	2001-09-11
结构标题 title	Structure of RecG bound to three-way DNA junction
关键词 keywords	HELICASE, REPLICATION RESTART; HELICASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.99 Å
零角强度 I(0) i0	165721000.00
分子量 molecular_weight	97025.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119050 Å³
包络体积 envelope_volume	165280 Å³
水化壳体积 shell_volume	41340 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.94 Å
包络 Rg envelope_rg	33.06 Å
形状 Rg shape_rg	33.97 Å
总 Rg total_rg	34.49 Å
总原子数 total_atoms	6779
残基数 n_residues	770
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	165700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8385
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.632
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	17610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	RECG
分子量 formula_weight	90059.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6779

MLCSRYFTSSLFLWGEALPTLLEEFLNEVEKMLKNQVNTRRIHQLLKELDDPLLENKDLEEKLQAFLDYVKEIPNLPEARKRYRIQKSLEMIEKLRSWFLIDYLECSGEEVDLSTDIQYAKGVGPNRKKKLKKLGIETLRDLLEFFPRDYEDRRKIFKLNDLLPGEKVTTQGKIVSVETKKFQNMNILTAVLSDGLVHVPLKWFNQDYLQTYLKQLTGKEVFVTGTVKSNAYTGQYEIHNAEVTPKEGEYVRRILPIYRLTSGISQKQMRKIFEENIPSLCCSLKETLPERILEKRKLLGVKDAYYGMHFPKTFYHLEKARERLAYEELFVLQLAFQKIRKEREKHGGIPKKIEGKLAEEFIKSLPFKLTNAQKRAHQEIRNDMISEKPMNRLLQGDVGSGKTVVAQLAILDNYEAGFQTAFMVPTSILAIQHYRRTVESFSKFNIHVALLIGATTPSEKEKIKSGLRNGQIDVVIGTHALIQEDVHFKNLGLVIIDEQHRFGVKQREALMNKGKMVDTLVMSATPIPRSMALAFYGDLDVTVIDEMPPGRKEVQTMLVPMDRVNEVYEFVRQEVMRGGQAFIVYPLIEESDKLNVKSAVEMYEYLSKEVFPEFKLGLMHGRLSQEEKDRVMLEFAEGRYDILVSTTVIEVGIDVPRANVMVIENPERFGLAQLHQLRGRVGRGGQEAYCFLVVGDVGEEAMERLRFFTLNTDGFKIAEYDLKTRGPGEFFGVKQHGLSGFKVADLYRDLKLLEWAREDVQEIDVEGIELPEEIKLIEVG

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-(CPAPGPCPTPCPCPAPTPGPAPTP* CPAPTPTPGPGPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6094.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CAGCTCCATGATCATTGGCA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-(GPCPAPGPTPGPCPTPCPGPCPAP* TPGPGPAPGPCPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6191.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

GCAGTGCTCGCATGGAGCTG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-(GPAPGPCPAPCPTPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2740.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

GAGCACTGC

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gm5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.21 — RecG, N-terminal domain
家族 Family family	a.24.21.1 — RecG, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1gm5a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.9 — RecG 'wedge' domain

结构域编号 domain_id	d1gm5a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1gm5a4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gm5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — RecG, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gm5A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1gm5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1gm5A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.704 Å
晶胞边长 b length_b	144.602 Å
晶胞边长 c length_c	84.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.240 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2750
R_work r_work	0.2720
R_free r_free	0.3280

fit	/app/data/saxs_computation/gm/1gm5/1gm5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gm/1gm5/1gm5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gm/1gm5/1gm5.dat

Structure of RecG bound to three-way DNA junction

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)