1gp6

Anthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana complexed with trans-dihydroquercetin (with 30 min exposure to O2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gp6
沉积日期 deposition_date	2001-10-30
结构标题 title	Anthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana complexed with trans-dihydroquercetin (with 30 min exposure to O2)
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, OXYGENASE, 2-OXOGLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE, FLAVONOID BIOSYNTHESIS; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.83 Å
零角强度 I(0) i0	26271300.00
分子量 molecular_weight	40210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50705 Å³
包络体积 envelope_volume	58471 Å³
水化壳体积 shell_volume	23818 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.22 Å
包络 Rg envelope_rg	20.21 Å
形状 Rg shape_rg	19.81 Å
总 Rg total_rg	20.88 Å
总原子数 total_atoms	2829
残基数 n_residues	350
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8101
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.180
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7604000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	LEUCOANTHOCYANIDIN DIOXYGENASE
分子量 formula_weight	40451.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3186

MVAVERVESLAKSGIISIPKEYIRPKEELESINDVFLEEKKEDGPQVPTIDLKNIESDDEKIRENCIEELKKASLDWGVMHLINHGIPADLMERVKKAGEEFFSLSVEEKEKYANDQATGKIQGYGSKLANNASGQLEWEDYFFHLAYPEEKRDLSIWPKTPSDYIEATSEYAKCLRLLATKVFKALSVGLGLEPDRLEKEVGGLEELLLQMKINYYPKCPQPELALGVEAHTDVSALTFILHNMVPGLQLFYEGKWVTAKCVPDSIVMHIGDTLEILSNGKYKSILHRGLVNKEKVRISWAVFCEPPKDKIVLKPLPEMVSVESPAKFPPRTFAQHIEHKLFGKEQEELVSEKND

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	MOUSE-EAR CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE
分子量 formula_weight	302.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S,3S)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE
分子量 formula_weight	304.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	357

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gp6a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.1 — Penicillin synthase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gp6A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain

▶

7. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	61.258 Å
晶胞边长 b length_b	72.385 Å
晶胞边长 c length_c	87.054 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/gp/1gp6/1gp6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gp/1gp6/1gp6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gp/1gp6/1gp6.dat