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1gpz

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMPLEMENT C1R COMPONENT

HOMO SAPIENS

UniProt P00736

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 307–705 片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705 突变：YES 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C. 分辨率 2.90 Å R-free 0.290
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 307–705 片段：CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705 突变：YES ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；293 K；1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C. 分辨率 2.90 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GPZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1APQ STRUCTURE OF THE EGF-LIKE MODULE OF HUMAN C1R, NMR, 19 STRUCTURES 提交 1997-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 140–192（53 aa） 片段：EGF-LIKE MODULE
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；288 K
分辨率未提供
1MD7 Monomeric structure of the zymogen of complement protease C1r 提交 2002-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 375–702（328 aa） 片段：C-terminal CCP-SP domain
突变：S637A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.285
1MD8 Monomeric structure of the active catalytic domain of complement protease C1r 提交 2002-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 375–703（329 aa） 片段：C-terminal CCP-SP domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；ammonium sulfate, TAPS, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2QY0 Active dimeric structure of the catalytic domain of C1r reveals enzyme-product like contacts 提交 2007-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 309–463（155 aa） 片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2
链 B 464–705（242 aa） 片段：Peptidase S1 domain
链 C 309–463（155 aa） 片段：Sushi-1 and Sushi-2 domains, CCP1-CCP2
链 D 464–705（242 aa） 片段：Peptidase S1 domain
未记录 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；288 K；14% (w/v) PEG 6000, 0.2 M NaCl, 10% (v/v) glycerol, 0.1 M Tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.60 Å R-free 0.259
6F1C C1rC1s complex 提交 2017-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–308（291 aa）
链 C 18–308（291 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 12 NA SODIUM ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0
分辨率 4.20 Å R-free 0.305
6F1D CUB2 domain of C1r 提交 2017-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 191–307（117 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM Tris-HCl at pH 8.5 containing 25% PEG-8K, 2 mM CaCl2 and 3% 1,6-diaminohexane
分辨率 1.95 Å R-free 0.202
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–308（291 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0
分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F1H C1rC1s complex 提交 2017-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 18–308（291 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 3 LYS LYSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0
分辨率 4.50 Å R-free 0.340
6F39 C1r homodimer CUB1-EGF-CUB2 提交 2017-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–306（285 aa）
链 B 22–306（285 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；12-18% PEG 8000, 100 mM Imidazole at pH 8.0
分辨率 5.80 Å R-free 0.338
7MZT Borrelia burgdorferi BBK32-C in complex with an autolytic fragment of human C1r at 4.1A 提交 2021-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 300–463（164 aa）
链 B 464–705（242 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium formate, 27.5% Polyethylene glycol 3,350
分辨率 4.07 Å R-free 0.372
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 308–705（398 aa） 片段：residues 308-705
突变：S654A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350
分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKD Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO 提交 2024-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 308–705（398 aa） 片段：residues 308-705
突变：S654A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS (pH 5.6), 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG-3350
分辨率 3.28 Å R-free 0.286
9EKE Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant 提交 2024-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 308–705（398 aa）
突变：S654A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.278
9EKE Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO, Y51F Mutant 提交 2024-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 308–705（398 aa）
突变：S654A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% (w/v) PEG-3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.278

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C1R_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–399； UniProt 307–705 作者链 B； PDB构建体 1–399； UniProt 307–705

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gpz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gpz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gpz
沉积日期 deposition_date2001-11-15
结构标题 titleTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R
关键词 keywordsHYDROLASE, ACTIVATION, COMPLEMENT, INNATE IMMUNITY, MODULAR STRUCTURE, SERINE PROTEASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.78 Å
零角强度 I(0) i0114263000.00
分子量 molecular_weight84727.0 kDa
排除体积 excluded_volume105300 ų
包络体积 envelope_volume148660 ų
水化壳体积 shell_volume34244 ų
包络直径 envelope_diameter125.4 Å
壳层 Rg shell_rg42.22 Å
包络 Rg envelope_rg36.39 Å
形状 Rg shape_rg37.78 Å
总 Rg total_rg38.05 Å
总原子数 total_atoms5956
残基数 n_residues737
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.6 Å
Rg (实空间) rg_real38.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8556
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.1 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.832
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8091000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.765
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1gpza1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1gpza2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamilyg.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family familyg.18.1.1 — Complement control module/SCR domain
结构域编号 domain_idd1gpza3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamilyg.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family familyg.18.1.1 — Complement control module/SCR domain
结构域编号 domain_idd1gpzb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1gpzb2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamilyg.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family familyg.18.1.1 — Complement control module/SCR domain
结构域编号 domain_idd1gpzb3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamilyg.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family familyg.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1gpzA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id1gpzB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1gpzB04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)