1gt7

L-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	ZINC ION × 8 PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 8 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	ZINC ION × 8 PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 8 water × 8	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	ZINC ION × 8 PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 8 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	ZINC ION × 8 PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 8 water × 8	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	ZINC ION × 8 PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 B； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 C； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 D； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 E； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 F； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 G； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 H； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 I； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 J； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 K； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 L； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 M； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 N； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 O； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 P； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 Q； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 R； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 S； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274 作者链 T； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gt7
沉积日期 deposition_date	2002-01-14
结构标题 title	L-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli
关键词 keywords	;LYASE, ALDOLASE (LYASE), CLASS II, ZINC ENZYME, BACTERIAL L- RHAMNOSE METABOLISM, CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE AND L-LACTALDEHYDE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gt7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gt7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.29 Å
Rg（电子密度）	37.59 Å
总 Rg	38.16 Å
原子数	17080
残基数	2192
排除体积	304300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gt7__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gt7__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1gt7__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1gt7__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1gt7__assembly_5__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
分子量 formula_weight	30174.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	46180

MQNITQSWFVQGMIKATTDAWLKGWDERNGGNLTLRLDDADIAPYHDNFHQQPRYIPLSQPMPLLANTPFIVTGSGKFFRNVQLDPAANLGIVKVDSDGAGYHILWGLTNEAVPTSELPAHFLSHCERIKATNGKDRVIMHCHATNLIALTYVLENDTAVFTRQLWEGSTECLVVFPDGVGILPWMVPGTDEIGQATAQEMQKHSLVLWPFHGVFGSGPTLDETFGLIDTAEKSAQVLVKVYSMGGMKQTISREELIALGKRFGVTPLASALAL

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID
分子量 formula_weight	171.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3480

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1gt7a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7k_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7m_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7n_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7o_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7p_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7q_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7r_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7s_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

结构域编号 domain_id	d1gt7t_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.74 — AraD/HMP-PK domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.74.1 — AraD/HMP-PK domain-like
家族 Family family	c.74.1.1 — AraD-like aldolase/epimerase

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	1gt7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7P00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1gt7T00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	225 — L-fuculose-1-phosphate Aldolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II aldolase/adducin N-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	225.760 Å
晶胞边长 b length_b	225.760 Å
晶胞边长 c length_c	285.645 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	44.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2350

L-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gt7__assembly_1__model_1

1gt7__assembly_1__model_1 | I(q)

1gt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (3)

L-rhamnulose-1-phosphate aldolase from Escherichia coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gt7__assembly_1__model_1

1gt7__assembly_1__model_1 | I(q)

1gt7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (3)