9dgh

Focused region on azoRhuA-bCDRhuA co-assembled nanotubes

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 203.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dgh
沉积日期 deposition_date	2024-09-02
结构标题 title	Focused region on azoRhuA-bCDRhuA co-assembled nanotubes
关键词 keywords	Assembly, LYASE; LYASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.32 Å
零角强度 I(0) i0	6428100000.00
分子量 molecular_weight	450970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	437620 Å³
包络体积 envelope_volume	920670 Å³
水化壳体积 shell_volume	117360 Å³
包络直径 envelope_diameter	212.1 Å
壳层 Rg shell_rg	67.64 Å
包络 Rg envelope_rg	61.87 Å
形状 Rg shape_rg	64.20 Å
总 Rg total_rg	64.59 Å
总原子数 total_atoms	34264
残基数 n_residues	4384
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.5 Å
Rg (实空间) rg_real	64.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4240e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6430000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8529
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.720
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	644100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.294

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Rhamnulose-1-phosphate aldolase
分子量 formula_weight	30088.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,B,C,E,H,F,G,I,L,J,K,M,P,N,O
原子数 atom_count	34264

MQNITQSWFVQGMIKATTDAWLKGWDERNGGNLTLRLDDADIAPYHDNFHQQPRYIPLSQPMPLLANTPFIVTGSGKFFRNVQLDPAANLGIVKVDSCGAGYHILWGLTNEAVPTSELPAHFLSHSERIKATNGKDRVIMHCHATNLIALTYVLENDTAVFTRQLWEGSTECLVVFPDGVGILPWMVPGTDAIGQATAQEMQKHSLVLWPFHGVFGSGPTLDETFGLIDTAEKSAQVLVKVYSMGGMKQTISREELIALGKRFGVTPLASALAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1181.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-[4-(2-phenylhydrazin-1-yl)phenyl]pyrrolidine-2,5-dione
分子量 formula_weight	281.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	440307

fit	/app/data/saxs_computation/dg/9dgh/9dgh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/9dgh/9dgh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/9dgh/9dgh.dat