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1guw

STRUCTURE OF THE CHROMODOMAIN FROM MOUSE HP1beta IN COMPLEX WITH THE LYSINE 9-METHYL HISTONE H3 N-TERMINAL PEPTIDE, NMR, 25 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHROMOBOX PROTEIN HOMOLOG 1

MUS MUSCULUS

UniProt P23197

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 10–80 片段：CHROMODOMAIN, RESIDUES 8 - 80 HISTONE H3.1 × 1 （P16106） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；298 K；压力 1 NMR样品组成：150 mM NACL, 20 mM PHOSPHATE BUFFER, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GUW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S4Z HP1 chromo shadow domain in complex with PXVXL motif of CAF-1 提交 2004-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 104–176（73 aa） 片段：chromo shadow domain
链 B 104–176（73 aa） 片段：chromo shadow domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1
NMR样品组成 15N-labelled and 13C,15N labelled material complexed with unlabelled peptide | H2O
NMR样品组成 15N labelled peptide complexed with unlabelled protein | H2O
分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBX1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–73； UniProt 10–80

HISTONE H3.1

物种未注明

UniProt P16106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–16 片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 1-18 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CHROMOBOX PROTEIN HOMOLOG 1 × 1 （P23197） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；298 K；压力 1 NMR样品组成：150 mM NACL, 20 mM PHOSPHATE BUFFER, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GUW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CS9 SOLUTION STRUCTURE OF CGGIRGERA IN CONTACT WITH THE MONOCLONAL ANTIBODY MAB 4X11, NMR, 7 STRUCTURES 提交 1999-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 130–135（6 aa） 片段：C-TERMINAL REGION 130-135
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；277 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M PHOSPHATE；压力 1
NMR样品组成 5 MM PEPTIDE, 0.1MM MAB; 100 MM PHOSPHATE BUFFER CONTAINING 0.02% SODIUM AZIDE
分辨率未提供
1CT6 SOLUTION STRUCTURE OF CGGIRGERG IN CONTACT WITH THE MONOCLONAL ANTIBODY MAB 4X11, NMR, 11 STRUCTURES 提交 1999-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 130–135（6 aa） 片段：C-TERMINAL REGION 130-135
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；277 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M PHOSPHATE；压力 1
NMR样品组成 5 MM PEPTIDE, 0.1 MM MAB; 100 MM PHOSPHTE BUFFER CONTAINING 0.02% SODIUM AZIDE
分辨率未提供
1Q3L Chromodomain Of HP1 Complexed With Histone H3 Tail Containing monomethyllysine 9. 提交 2003-07-30 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–16（16 aa） 片段：tail residues 1-16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.64 Å R-free 0.241

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–16； UniProt 1–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1guw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1guw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1guw
沉积日期 deposition_date2002-02-01
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE CHROMODOMAIN FROM MOUSE HP1beta IN COMPLEX WITH THE LYSINE 9-METHYL HISTONE H3 N-TERMINAL PEPTIDE, NMR, 25 STRUCTURES
关键词 keywordsCHROMATIN-BINDING, LYSINE METHYLATION, HETEROCHROMATIN, HISTONE MODIFICATION; CHROMATIN-BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.61 Å
零角强度 I(0) i01027010000.00
分子量 molecular_weight262590.0 kDa
排除体积 excluded_volume325340 ų
包络体积 envelope_volume60563 ų
水化壳体积 shell_volume22932 ų
包络直径 envelope_diameter77.7 Å
壳层 Rg shell_rg29.16 Å
包络 Rg envelope_rg22.75 Å
形状 Rg shape_rg15.55 Å
总 Rg total_rg16.18 Å
总原子数 total_atoms36525
残基数 n_residues2225
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.4 Å
Rg (实空间) rg_real14.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.07 Å
I(0) (实空间) i0_real9.7470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1027000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6871
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary17.7 Å
偏度 Skewness skewness0.286
峰度 Kurtosis kurtosis-0.412
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha4.3650
最高正则化参数 α highest_alpha264600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.009; Oscil: 0.996; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1guwa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.2 — Chromo domain
结构域编号 domain_idd1guwa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1guwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)