SAXSdb — 1gvg

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gvg
沉积日期 deposition_date	2002-02-12
结构标题 title	Crystal Structure of Clavaminate Synthase with Nitric Oxide
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, LYASE, OXYGENASE, TRIFUNCTIONAL ENZYME, CLAVAMINATE SYNTHASE 1, JELLY ROLL, NITRIC OXIDE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.79 Å
零角强度 I(0) i0	23515800.00
分子量 molecular_weight	35310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43471 Å³
包络体积 envelope_volume	48814 Å³
水化壳体积 shell_volume	21311 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.56 Å
包络 Rg envelope_rg	19.06 Å
形状 Rg shape_rg	18.78 Å
总 Rg total_rg	19.67 Å
总原子数 total_atoms	2478
残基数 n_residues	315
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8794000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	CLAVAMINATE SYNTHASE 1
分子量 formula_weight	35415.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2870

MTSVDCTAYGPELRALAARLPRTPRADLYAFLDAAHTAAASLPGALATALDTFNAEGSEDGHLLLRGLPVEADADLPTTPSSTPAPEDRSLLTMEAMLGLVGRRLGLHTGYRELRSGTVYHDVYPSPGAHHLSSETSETLLEFHTEMAYHRLQPNYVMLACSRADHERTAATLVASVRKALPLLDERTRARLLDRRMPCCVDVAFRGGVDDPGAIAQVKPLYGDADDPFLGYDRELLAPEDPADKEAVAALSKALDEVTEAVYLEPGDLLIVDNFRTTHARTPFSPRWDGKDRWLHRVYIRTDRNGQLSGGERAGDVVAFTPRG

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOMYCES CLAVULIGERUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1901
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	DEOXYGUANIDINOPROCLAVAMINIC ACID
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	HYDROXYAMINE
分子量 formula_weight	33.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gvga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.2 — Clavaminate synthase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gvgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Double-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clavaminate synthase-like

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	64.270 Å
晶胞边长 b length_b	69.520 Å
晶胞边长 c length_c	70.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1842
R_free r_free	0.2041

fit	/app/data/saxs_computation/gv/1gvg/1gvg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/1gvg/1gvg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/1gvg/1gvg.dat

Crystal Structure of Clavaminate Synthase with Nitric Oxide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution