1gvm

CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AUTOLYSIN

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHOLINE ION × 8 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHOLINE ION × 7 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHOLINE ION × 5 DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALYS_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318 作者链 B； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318 作者链 C； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318 作者链 D； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318 作者链 E； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318 作者链 F； PDB构建体 6–136； UniProt 188–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gvm
沉积日期 deposition_date	2002-02-15
结构标题 title	CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
关键词 keywords	CHOLINE-BINDING DOMAIN, CELL WALL ATTACHMENT; CHOLINE-BINDING DOMAIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gvm__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gvm__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gvm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.89 Å
Rg（电子密度）	25.00 Å
总 Rg	25.82 Å
原子数	2154
残基数	252
排除体积	38294 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gvm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gvm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1gvm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AUTOLYSIN
分子量 formula_weight	15876.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6651

MKGGIVHSDGSYPKDKFEKINGTWYYFDSSGYMLADRWRKHTDGNWYWFDNSGEMATGWKKIADKWYYFNEEGAMKTGWVKYKDTWYYLDAKEGAMVSNAFIQSADGTGWYYLKPDGTLADRPEFTVEPDGLITVK

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
通用名 common_name	PNEUMOCOCCUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHOLINE ION
分子量 formula_weight	104.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE
分子量 formula_weight	201.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1gvma_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d1gvmb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d1gvmc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d1gvmd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d1gvme_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d1gvmf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1gvmA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	1gvmB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	1gvmC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	1gvmD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	1gvmE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	1gvmF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

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晶胞边长 a length_a	56.717 Å
晶胞边长 b length_b	85.390 Å
晶胞边长 c length_c	204.136 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2940

CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AUTOLYSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gvm__assembly_2__model_1

1gvm__assembly_2__model_1 | I(q)

1gvm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

CHOLINE BINDING DOMAIN OF THE MAJOR AUTOLYSIN (C-LYTA) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AUTOLYSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gvm__assembly_2__model_1

1gvm__assembly_2__model_1 | I(q)

1gvm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)