1gvy

Substrate distorsion by beta-mannanase from Pseudomonas cellulosa

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gvy
沉积日期 deposition_date	2002-02-28
结构标题 title	Substrate distorsion by beta-mannanase from Pseudomonas cellulosa
关键词 keywords	HYDROLASE, GLYCOSIDE HYDROLASE, GLYCOSIDASE, MANNANASE, MANNAN, FAMILY 26; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.36 Å
零角强度 I(0) i0	31858700.00
分子量 molecular_weight	43507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54238 Å³
包络体积 envelope_volume	59076 Å³
水化壳体积 shell_volume	24316 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.99 Å
包络 Rg envelope_rg	19.67 Å
形状 Rg shape_rg	19.33 Å
总 Rg total_rg	20.38 Å
总原子数 total_atoms	3077
残基数 n_residues	376
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6411000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	MANNAN ENDO-1,4-BETA-MANNOSIDASE
分子量 formula_weight	43330.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.78
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3543

RADVKPVTVKLVDSQATMETRSLFAFMQEQRRHSIMFGHQHETTQGLTITRTDGTQSDTFNAVGDFAAVYGWDTLSIVAPKAEGDIVAQVKKAYARGGIITVSSHFDNPKTDTQKGVWPVGTSWDQTPAVVDSLPGGAYNPVLNGYLDQVAEWANNLKDEQGRLIPVIFRLYHANTGSWFWWGDKQSTPEQYKQLFRYSVEYLRDVKGVRNFLYAYSPNNFWDVTEANYLERYPGDEWVDVLGFDTYGPVADNADWFRNVVANAALVARMAEARGKIPVISEIGIRAPDIEAGLYDNQWYRKLISGLKADPDAREIAFLLVWRNAPQGVPGPNGTQVPHYWVPANRPENINNGTLEDFQAFYADEFTAFNRDIEQVYQRPTLI

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS CELLULOSA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	155077
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	506.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	DINITROPHENYLENE
分子量 formula_weight	168.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	451

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gvya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gvyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	93.192 Å
晶胞边长 b length_b	93.192 Å
晶胞边长 c length_c	54.343 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1450
R_work r_work	0.1440
R_free r_free	0.1700

fit	/app/data/saxs_computation/gv/1gvy/1gvy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/1gvy/1gvy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/1gvy/1gvy.dat