1gw8

quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN

BACTERIOPHAGE PRD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 720	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 72	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COA3_BPPRD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 B； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 C； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 D； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 E； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 F； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 G； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 H； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 I； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 J； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 K； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 L； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gw8
沉积日期 deposition_date	2002-03-08
结构标题 title	quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography.
关键词 keywords	;VIRUS/VIRAL PROTEIN, TECTIVIRIDAE, BACTERIOPHAGE PRD1, CRYO- EM, IMAGE RECONSTRUCTION, ICOSAHEDRAL VIRUS, VIRUS-VIRAL PROTEIN complex ;; VIRUS/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gw8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gw8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	290.90 Å
总 Rg	290.90 Å
原子数	2050200
残基数	267840
排除体积	36242000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gw8__assembly_1__model_1`	720-MERIC （720）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gw8__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1gw8__assembly_3__model_1`	60-meric （60）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1gw8__assembly_4__model_1`	72-meric （72）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1gw8__assembly_5__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1gw8a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8e_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8f_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8g_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8h_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8i_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8j_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8k_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1gw8l_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	13.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	13.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	POLAR FOURIER TRANSFORM, CROSS- COMMON LINES
颗粒数 num_particles	1729

描述 description	MAJOR CAPSID PROTEIN
分子量 formula_weight	43346.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gw8__assembly_1__model_1

1gw8__assembly_1__model_1 | I(q)

1gw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

7. 引用文献 (4)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	34170

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE PRD1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10658
宿主生物 host_organism	SALMONELLA TYPHIMURIUM

quasi-atomic resolution model of bacteriophage PRD1 sus607 mutant, obtained by combined cryo-EM and X-ray crystallography.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gw8__assembly_1__model_1

1gw8__assembly_1__model_1 | I(q)

1gw8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

7. 引用文献 (4)