1gwh

Atomic resolution structure of Micrococcus Lysodeikticus catalase complexed with NADPH

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gwh
沉积日期 deposition_date	2002-03-15
结构标题 title	Atomic resolution structure of Micrococcus Lysodeikticus catalase complexed with NADPH
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CATALASE, HYDROGEN PEROXIDE OXIDOREDUCTASE, PEROXIDASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.36 Å
零角强度 I(0) i0	60675300.00
分子量 molecular_weight	57762.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70870 Å³
包络体积 envelope_volume	92160 Å³
水化壳体积 shell_volume	30410 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.34 Å
包络 Rg envelope_rg	26.49 Å
形状 Rg shape_rg	25.34 Å
总 Rg total_rg	26.14 Å
总原子数 total_atoms	4084
残基数 n_residues	498
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7174
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.156
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9691000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.931

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Catalase
分子量 formula_weight	56962.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4730

MEHQKTTPHATGSTRQNGAPAVSDRQSLTVGSEGPIVLHDTHLLETHQHFNRMNIPERRPHAKGSGAFGEFEVTEDVSKYTKALVFQPGTKTETLLRFSTVAGELGSPDTWRDVRGFALRFYTEEGNYDLVGNNTPIFFLRDPMKFTHFIRSQKRLPDSGLRDATMQWDFWTNNPESAHQVTYLMGPRGLPRTWREMNGYGSHTYLWVNAQGEKHWVKYHFISQQGVHNLSNDEATKIAGENADFHRQDLFESIAKGDHPKWDLYIQAIPYEEGKTYRFNPFDLTKTISQKDYPRIKVGTLTLNRNPENHFAQIESAAFSPSNTVPGIGLSPDRMLLGRAFAYHDAQLYRVGAHVNQLPVNRPKNAVHNYAFEGQMWYDHTGDRSTYVPNSNGDSWSDETGPVDDGWEADGTLTREAQALRADDDDFGQAGTLVREVFSDQERDDFVETVAGALKGVRQDVQARAFEYWKNVDATIGQRIEDEVKRHEGDGIPGVEAGGEARI

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	568

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gwha_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gwhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.700 Å
晶胞边长 b length_b	106.700 Å
晶胞边长 c length_c	106.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	74.540 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1110
R_free r_free	0.1380

fit	/app/data/saxs_computation/gw/1gwh/1gwh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gw/1gwh/1gwh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gw/1gwh/1gwh.dat