SAXSdb — 1gx1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gx1
沉积日期 deposition_date	2002-03-26
结构标题 title	Structure of 2C-Methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate Synthase
关键词 keywords	SYNTHASE, ISOPRENOID, LYASE, ISOPRENE BIOSYNTHESIS; SYNTHASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.50 Å
零角强度 I(0) i0	48319400.00
分子量 molecular_weight	52354.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64479 Å³
包络体积 envelope_volume	72038 Å³
水化壳体积 shell_volume	27704 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.65 Å
包络 Rg envelope_rg	20.81 Å
形状 Rg shape_rg	20.54 Å
总 Rg total_rg	21.23 Å
总原子数 total_atoms	3611
残基数 n_residues	459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.068
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	17237.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3910

EMRIGHGFDVHAFGGEGPIIIGGVRIPYEKGLLAHSDGDVALHALTDALLGAAALGDIGKLFPDTDPAFKGADSRELLREAWRRIQAKGYTLGNVDVTIIAQAPKMLPHIPQMRVFIAEDLGCHMDDVNVKATTTEKLGFTGRGEGIACEAVALLIKATK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511693
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	403.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	299

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1gx1a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1gx1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1gx1b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1gx1b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1gx1c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1gx1c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1gx1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1gx1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1gx1C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.202 Å
晶胞边长 b length_b	114.848 Å
晶胞边长 c length_c	87.748 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1855
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/gx/1gx1/1gx1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gx/1gx1/1gx1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gx/1gx1/1gx1.dat

Structure of 2C-Methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate Synthase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)