1h1m

CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE KAEMPFEROL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

ASPERGILLUS JAPONICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 2 COPPER (II) ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 2 COPPER (II) ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	QDOI_ASPJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350 作者链 B； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350 作者链 C； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350 作者链 D； PDB构建体 1–350； UniProt 1–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h1m
沉积日期 deposition_date	2002-07-19
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE KAEMPFEROL
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, DIOXYGENASE, FLAVONOL; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h1m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h1m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.56 Å
Rg（电子密度）	24.40 Å
总 Rg	25.35 Å
原子数	5553
残基数	687
排除体积	97462 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h1m__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h1m__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE
分子量 formula_weight	37958.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12645

DTSSLIVEDAPDHVRPYVIRHYSHARAVTVDTQLYRFYVTGPSSGYAFTLMGTNAPHSDALGVLPHIHQKHYENFYCNKGSFQLWAQSGNETQQTRVLSSGDYGSVPRNVTHTFQIQDPDTEMTGVIVPGGFEDLFYYLGTNATDTTHTPYIPSSSDSSSTTGPDSSTISTLQSFDVYAELSFTPRTDTVNGTAPANTVWHTGANALASTAGDPYFIANGWGPKYLNSQYGYQIVAPFVTATQAQDTNYTLSTISMSTTPSTVTVPTWSFPGACAFQVQEGRVVVQIGDYAATELGSGDVAFIPGGVEFKYYSEAYFSKVLFVSSGSDGLDQNLVNGGEEWSSVSFPADW

来源 Source

来源生物 organism	ASPERGILLUS JAPONICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34381
宿主生物 host_organism	ASPERGILLUS AWAMORI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE
分子量 formula_weight	286.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1547

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1h1ma_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.5 — Quercetin 2,3-dioxygenase-like

结构域编号 domain_id	d1h1mb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.5 — Quercetin 2,3-dioxygenase-like

结构域编号 domain_id	d1h1mc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.5 — Quercetin 2,3-dioxygenase-like

结构域编号 domain_id	d1h1md_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.5 — Quercetin 2,3-dioxygenase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1h1mA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1h1mD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

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晶胞边长 a length_a	109.272 Å
晶胞边长 b length_b	55.377 Å
晶胞边长 c length_c	123.929 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.390 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.2040

CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE KAEMPFEROL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h1m__assembly_1__model_1

1h1m__assembly_1__model_1 | I(q)

1h1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE KAEMPFEROL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h1m__assembly_1__model_1

1h1m__assembly_1__model_1 | I(q)

1h1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)