1h48

The structure of 2C-Methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase in complex with CMP and product

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2C-METHYL-D-ERYTHRITOL-2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE × 3 ZINC ION × 3 CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 MANGANESE (II) ION × 1 GERANYL DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE × 3 ZINC ION × 3 CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 MANGANESE (II) ION × 1 GERANYL DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISPF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159 作者链 F； PDB构建体 3–161； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h48
沉积日期 deposition_date	2003-02-24
结构标题 title	The structure of 2C-Methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase in complex with CMP and product
关键词 keywords	SYNTHASE, ISOPRENOID, LYASE, ISOPRENE BIOSYNTHESIS; SYNTHASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h48__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h48__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h48__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.53 Å
Rg（电子密度）	20.51 Å
总 Rg	21.27 Å
原子数	3676
残基数	474
排除体积	65464 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h48__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h48__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2C-METHYL-D-ERYTHRITOL-2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	17162.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7665

LEMRIGHGFDVHAFGGEGPIIIGGVRIPYEKGLLAHSDGDVALHALTDALLGAAALGDIGKLFPDTDPAFKGADSRELLREAWRRIQAKGYTLGNVDVTIIAQAPKMLPHIPQMRVFIAEDLGCHMDDVNVKATTTEKLGFTGRGEGIACEAVALLIKATK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511693
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	278.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	323.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GERANYL DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	314.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1h48a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1h48b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1h48c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1h48d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1h48e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1h48f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1h48f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1h48A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1h48B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1h48C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1h48D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1h48E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1h48F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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晶胞边长 a length_a	198.122 Å
晶胞边长 b length_b	150.287 Å
晶胞边长 c length_c	57.559 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2360

The structure of 2C-Methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase in complex with CMP and product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2C-METHYL-D-ERYTHRITOL-2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h48__assembly_1__model_1

1h48__assembly_1__model_1 | I(q)

1h48__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of 2C-Methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase in complex with CMP and product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2C-METHYL-D-ERYTHRITOL-2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h48__assembly_1__model_1

1h48__assembly_1__model_1 | I(q)

1h48__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)