SAXSdb — 1h6h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–144	片段：PX DOMAIN RESIDUES 2-144	PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.70 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1H6H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 237–339（103 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 237-339	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 237–339（103 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 237-339	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 237–339（103 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 237-339	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 237–339（103 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 237-339	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1W6X SH3 domain of p40phox, component of the NADPH oxidase 提交 2004-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 174–228（55 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；287 K；VAPOR DIFFUSION AT 14 DEGRE C, PROTEIN AT 14 MG/ML, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 40% PEG2K MME, 100 MM AS 200 MM NA AC PH 4.6.	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1W6X SH3 domain of p40phox, component of the NADPH oxidase 提交 2004-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 174–228（55 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；287 K；VAPOR DIFFUSION AT 14 DEGRE C, PROTEIN AT 14 MG/ML, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 40% PEG2K MME, 100 MM AS 200 MM NA AC PH 4.6.	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 174–228（55 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1W70 SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox 提交 2004-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 174–228（55 aa）片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA	分辨率 1.46 Å R-free 0.207
1Z9Q Solution structure of SH3 domain of p40phox 提交 2005-04-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 168–233（66 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM p40phoxSH3 U-13C, 15N; 50mM NaPi pH7.0; 150mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DYB The crystal structure of human p40(phox) 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–339（339 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；5% PEG 20000, 200mM Bis-tris-HCl, 10mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.302
2DYB The crystal structure of human p40(phox) 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–339（339 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；5% PEG 20000, 200mM Bis-tris-HCl, 10mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.302

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–143； UniProt 2–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h6h
沉积日期 deposition_date	2001-06-15
结构标题 title	Structure of the PX domain from p40phox bound to phosphatidylinositol 3-phosphate
关键词 keywords	PX DOMAIN; PX DOMAIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.83 Å
零角强度 I(0) i0	5410980.00
分子量 molecular_weight	16938.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21344 Å³
包络体积 envelope_volume	26644 Å³
水化壳体积 shell_volume	13931 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.20 Å
包络 Rg envelope_rg	17.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.81 Å
总 Rg total_rg	17.96 Å
总原子数 total_atoms	1191
残基数 n_residues	143
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4110e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5411000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.121
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	809300.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4
分子量 formula_weight	16312.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1373

AVAQQLRAESDFEQLPDDVAISANIADIEEKRGFTSHFVFVIEVKTKGGSKYLIYRRYRQFHALQSKLEERFGPDSKSSALACTLPTLPAKVYVGVKQEIAEMRIPALNAYMKSLLSLPVWVLMDEDVRIFFYQSPYDSEQVP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
分子量 formula_weight	554.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	182

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1h6ha_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamily	d.189.1 — PX domain
家族 Family family	d.189.1.1 — PX domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1h6hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phox-like domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	96.760 Å
晶胞边长 b length_b	33.642 Å
晶胞边长 c length_c	76.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	132.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.730 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/h6/1h6h/1h6h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h6/1h6h/1h6h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h6/1h6h/1h6h.dat

Structure of the PX domain from p40phox bound to phosphatidylinositol 3-phosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction