1h6k

nuclear Cap Binding Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CBP80

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN × 1 （P52298） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN × 1 （P52298） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN × 1 （P52298） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CB80_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–651； UniProt 20–670 作者链 A； PDB构建体 652–757； UniProt 685–790 作者链 B； PDB构建体 1–651； UniProt 20–670 作者链 B； PDB构建体 652–757； UniProt 685–790 作者链 C； PDB构建体 1–651； UniProt 20–670 作者链 C； PDB构建体 652–757； UniProt 685–790

20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN

HOMO SAPIENS

UniProt P52298

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CBP80 × 1 （Q09161） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CBP80 × 1 （Q09161） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CBP80 × 1 （Q09161） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CB20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–56； UniProt 22–77 作者链 X； PDB构建体 57–98； UniProt 79–120 作者链 Y； PDB构建体 1–56； UniProt 22–77 作者链 Y； PDB构建体 57–98； UniProt 79–120 作者链 Z； PDB构建体 1–56； UniProt 22–77 作者链 Z； PDB构建体 57–98； UniProt 79–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h6k
沉积日期 deposition_date	2001-06-18
结构标题 title	nuclear Cap Binding Complex
关键词 keywords	M7G CAP, CAP-BINDING-COMPLEX, RNP DOMAIN, MIF4G DOMAIN, RNA MATURATION, RNA EXPORT, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h6k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h6k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h6k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.50 Å
Rg（电子密度）	29.66 Å
总 Rg	30.38 Å
原子数	6584
残基数	805
排除体积	118060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h6k__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h6k__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1h6k__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CBP80
分子量 formula_weight	87942.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	21515

KTSDANETEDHLESLICKVGEKSACSLESNLEGLAGVLEADLPNYKSKILRLLCTVARLLPEKLTIYTTLVGLLNARNYNFGGEFVEAMIRQLKESLKANNYNEAVYLVRFLSDLVNCHVIAAPSMVAMFENFVSVTQEEDVPQVRRDWYVYAFLSSLPWVGKELYEKKDAEMDRIFANTESYLKRRQKTHVPMLQVWTADKPHPQEEYLDCLWAQIQKLKKDRWQERHILRPYLAFDSILCEALQHNLPPFTPPPHTEDSVYPMPRVIFRMFDYTDDPEGPVMPGSHSVERFVIEENLHCIIKSHWKERKTCAAQLVSYPGKNKIPLNYHIVEVIFAELFQLPAPPHIDVMYTTLLIELCKLQPGSLPQVLAQATEMLYMRLDTMNTTCVDRFINWFSHHLSNFQFRWSWEDWSDCLSQDPESPKPKFVREVLEKCMRLSYHQRILDIVPPTFSALCPSNPTCIYKYGDESSNSLPGHSVALCLAVAFKSKATNDEIFSILKDVPNPNQDDDDDEGFSFNPLKIEVFVQTLLHLAAKSFSHSFSALAKFHEVFKTLAESDEGKLHVLRVMFEVWRNHPQMIAVLVDKMIRTQIVDCAAVANWIFSSELSRDFTRLFVWEILHSTIRKMNKHVLKIQKELEEAKEKLARQHDGVLEEQIERLQEKVESAQSEQKNLFLVIFQRFIMILTEHLVRCETDGTSVLTPWYKNCIERLQQIFLQHHQIIQQYMVTLENLLFTAELDPHILAVFQQFCALQA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	11502.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y,Z

DQHFRGDNEEQEKLLKKSCTLYVGNLSFYTTEEQIYELFSKSGDIKKIIMGLDKMKTACGFCFVEYYSRADAENAMRYINGTRLDDRIIRTDWDAGFK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1710

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1h6ka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6ka2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6ka3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kb3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kc3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.14 — MIF4G domain-like

结构域编号 domain_id	d1h6kx_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1h6ky_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1h6kz_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1h6kA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1h6kX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1h6kY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1h6kZ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

▶

晶胞边长 a length_a	75.527 Å
晶胞边长 b length_b	161.480 Å
晶胞边长 c length_c	303.291 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2340

nuclear Cap Binding Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CBP80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h6k__assembly_1__model_1

1h6k__assembly_1__model_1 | I(q)

1h6k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

nuclear Cap Binding Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CBP80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

20 KDA NUCLEAR CAP BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h6k__assembly_1__model_1

1h6k__assembly_1__model_1 | I(q)

1h6k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)