SAXSdb — 1h8l

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h8l
沉积日期 deposition_date	2001-02-09
结构标题 title	Duck Carboxypeptidase D Domain II in complex with GEMSA
关键词 keywords	CARBOXYPEPTIDASE, HYDROLASE, ZINC-DEPENDENT PROTEASE; CARBOXYPEPTIDASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.56 Å
零角强度 I(0) i0	34849600.00
分子量 molecular_weight	44860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55673 Å³
包络体积 envelope_volume	62857 Å³
水化壳体积 shell_volume	24823 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.96 Å
包络 Rg envelope_rg	21.01 Å
形状 Rg shape_rg	20.54 Å
总 Rg total_rg	21.47 Å
总原子数 total_atoms	3159
残基数 n_residues	380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	CARBOXYPEPTIDASE GP180 RESIDUES 503-882
分子量 formula_weight	43337.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3352

QAVQPVDFRHHHFSDMEIFLRRYANEYPSITRLYSVGKSVELRELYVMEISDNPGIHEAGEPEFKYIGNMHGNEVVGRELLLNLIEYLCKNFGTDPEVTDLVQSTRIHIMPSMNPDGYEKSQEGDRGGTVGRNNSNNYDLNRNFPDQFFQVTDPPQPETLAVMSWLKTYPFVLSANLHGGSLVVNYPFDDDEQGIAIYSKSPDDAVFQQLALSYSKENKKMYQGSPCKDLYPTEYFPHGITNGAQWYNVPGGMQDWNYLNTNCFEVTIELGCVKYPKAEELPKYWEQNRRSLLQFIKQVHRGIWGFVLDATDGRGILNATISVADINHPVTTYKDGDYWRLLVQGTYKVTASARGYDPVTKTVEVDSKGGVQVNFTLSRT

来源 Source

来源生物 organism	LOPHONETTA SPECULARIOIDES
通用名 common_name	CRESTED DUCK
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8836
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	235.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	193

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1h8la1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.2 — Carboxypeptidase regulatory domain-like
家族 Family family	b.3.2.1 — Carboxypeptidase regulatory domain

结构域编号 domain_id	d1h8la2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1h8lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1h8lA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1120 — Carboxypeptidase-like, regulatory domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	136.480 Å
晶胞边长 b length_b	136.480 Å
晶胞边长 c length_c	136.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	43.000 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/h8/1h8l/1h8l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h8/1h8l/1h8l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h8/1h8l/1h8l.dat

Duck Carboxypeptidase D Domain II in complex with GEMSA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution