SAXSdb — 1h8t

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h8t
沉积日期 deposition_date	2001-02-15
结构标题 title	Echovirus 11
关键词 keywords	VIRUS, ECHOVIRUS COAT PROTEIN, ECHOVIRUS, ICOSAHEDRAL VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.79 Å
零角强度 I(0) i0	141234000.00
分子量 molecular_weight	93308.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116250 Å³
包络体积 envelope_volume	143750 Å³
水化壳体积 shell_volume	40540 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.99 Å
包络 Rg envelope_rg	29.48 Å
形状 Rg shape_rg	28.78 Å
总 Rg total_rg	29.56 Å
总原子数 total_atoms	6564
残基数 n_residues	842
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8937
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.918

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
分子量 formula_weight	32786.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6575

GDVVEAVENAVARVADTIGSGPSNSQAVPALTAVETGHTSQVTPSDTVQTRHVKNYHSRSESSIENFLSRSACVYMGEYHTTNSDQTKLFASWTISARRMVQMRRKLEIFTYVRFDVEVTFVITSKQDQGTQLGQDMPPLTHQIMYIPPGGPIPKSVTDYTWQTSTNPSIFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSNFYDGWSHFSQNGVYGYNTLNHMGQIYVRHVNGSSPLPMTSTVRMYFKPKHVKAWVPRPPRLCQYKNASTVNFSPTDITDKRNSITYIPDTVKPDVSNH

Entity 2 polymer

描述 description	ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
分子量 formula_weight	29048.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEECGYSDRVRSITLGNSTITTQESANVVVGYGRWPEYLRDDEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVTWEKDSPGWWWKFPDALKDMGLFGQNMYYHYLGRAGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSTVDGTVNEHGLSEGETAKKFSATGTNGTNTVQSIVTNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNCATIVMPYINNVPMDNMFRHHNFTLMIIPFVPLNYSSDFSTYVPITVTVAPMCAEYNGLRLSTALQ

Entity 3 polymer

描述 description	ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
分子量 formula_weight	25897.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVINTPGSNQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPELNIPGEVQNLMEIAEVDSVVPVNNVAGNLETMDIYRIPVQSGNHQSSQVFGFQVQPGLDGVFKHTLLGEILNYYAHWSGSIKLTFVFCGSAMATGKFLLAYAPPGANAPKSRKDAMLGTHIIWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRLVQQDEYTSAGNVTCWYQTGIVVPAGTPTSCSIMCFVSACNDFSVRLLKDTPFIQQAALLQ

Entity 4 polymer

描述 description	ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
分子量 formula_weight	7378.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVSTQKTGAHETGLRASGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMVKSLPALN

Entity 5 non-polymer

描述 description	12-AMINO-DODECANOIC ACID
分子量 formula_weight	215.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1h8t.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1h8ta_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1h8tc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1h8tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h8tB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h8tC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1h8tD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	300.850 Å
晶胞边长 b length_b	300.850 Å
晶胞边长 c length_c	1476.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1080

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2462
R_work r_work	0.2462
R_free r_free	0.2549

fit	/app/data/saxs_computation/h8/1h8t/1h8t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h8/1h8t/1h8t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h8/1h8t/1h8t.dat

Echovirus 11

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)