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1he1

Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOENZYME S

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

UniProt Q51451

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 95–229 片段：96-234, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN) RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 × 1 （P15154） NI NICKEL (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50 分辨率 2.00 Å R-free 0.224
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 95–229 片段：96-234, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN) RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 × 1 （P15154） NI NICKEL (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50 分辨率 2.00 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HE1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HE9 Crystal structure of the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin 提交 2000-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 102–235（134 aa） 片段：96-234 GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；MGCL2, (NH4)2SO4, PEG 6000, NA-CACODYLATE PH5.5, pH 5.50
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
2C23 14-3-3 Protein Beta (Human) in complex with exoenzyme S peptide 提交 2005-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 421–431（11 aa） 片段：14-3-3 BINDING REGION, RESIDUES 421-431
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.05M MGCL2,0.1M HEPES PH7.5, 30% PEG MME 550, pH 8.00
分辨率 2.65 Å R-free 0.286
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 234–453（220 aa）
链 G 234–453（220 aa）
突变：E379A, E381A 突变：E379A, E381A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate
分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6GN0 Exoenzyme S from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form 提交 2018-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 234–453（220 aa）
链 H 234–453（220 aa）
突变：E379A, E381A 突变：E379A, E381A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 3350, 4% Tacsimate
分辨率 3.24 Å R-free 0.294
6Y7T Engineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with ExoS derived peptidic inhibitor enhance affinity towards target protein 14-3-3 through ditopic binding 提交 2020-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC
链 D 420–430（11 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 TWZ 2-[4-[2-[hydroxy-[[(1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-22-phosphonooxy-3-tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2,4(21),6(19),7,10,12,14,17,22,25(38),26,29,31,33,36-pentadecaenyl]oxy]phosphoryl]oxyethyl]triazol-1-yl]acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Bis-Tris Propane 0.2M sodium acetate trihydrate 20% PEG1000 10% Glycerol pH 7 Grew at 4 degree Celsius after a few days
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
6Y7T Engineered conjugation of lysine-specific molecular tweezers with ExoS derived peptidic inhibitor enhance affinity towards target protein 14-3-3 through ditopic binding 提交 2020-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC
链 E 420–430（11 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 TWZ 2-[4-[2-[hydroxy-[[(1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-22-phosphonooxy-3-tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2,4(21),6(19),7,10,12,14,17,22,25(38),26,29,31,33,36-pentadecaenyl]oxy]phosphoryl]oxyethyl]triazol-1-yl]acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Bis-Tris Propane 0.2M sodium acetate trihydrate 20% PEG1000 10% Glycerol pH 7 Grew at 4 degree Celsius after a few days
分辨率 2.50 Å R-free 0.268

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q51451
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 95–229 作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 95–229

RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

HOMO SAPIENS

UniProt P15154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–176 片段：2-184 EXOENZYME S × 1 （Q51451） NI NICKEL (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50 分辨率 2.00 Å R-free 0.224
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–176 片段：2-184 EXOENZYME S × 1 （Q51451） NI NICKEL (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50 分辨率 2.00 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HE1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E96 Structure of the Rac/p67phox complex 提交 2000-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–192（192 aa）
突变：YES GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10.5；0.1 M CAPS PH 10.5, 0.2 M LI ACETATE, 0.8 M NAH2PO4, 1.2 M K2HPO4
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–192（192 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60
分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–192（192 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60
分辨率 2.70 Å R-free 0.280

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 D； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1he1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1he1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1he1
沉积日期 deposition_date2000-11-18
结构标题 titleCrystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac
关键词 keywords;SIGNALING PROTEIN, SIGNALLING COMPLEX, EXOS, RAC, PSEUDOMONAS AERUGINOSA, GAP, TOXIN, VIRULENCE FACTOR, TRANSITION STATE, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, GTPASE, SIGNAL TRANSDUCTION ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.02 Å
零角强度 I(0) i078430700.00
分子量 molecular_weight68839.0 kDa
排除体积 excluded_volume85914 ų
包络体积 envelope_volume104830 ų
水化壳体积 shell_volume31158 ų
包络直径 envelope_diameter103.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.80 Å
包络 Rg envelope_rg29.10 Å
形状 Rg shape_rg29.03 Å
总 Rg total_rg29.55 Å
总原子数 total_atoms4812
残基数 n_residues622
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.1 Å
Rg (实空间) rg_real29.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real7.8430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal78430000.0000
解质量估计 total_estimate0.8019
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.5 Å
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.370
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37560000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.927; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1he1a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.11 — Bacterial GAP domain
家族 Family familya.24.11.1 — Bacterial GAP domain
结构域编号 domain_idd1he1a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1he1b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.11 — Bacterial GAP domain
家族 Family familya.24.11.1 — Bacterial GAP domain
结构域编号 domain_idd1he1b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1he1c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1he1c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1he1d1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd1he1d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1he1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Virulence factor YopE uncharacterised domain
结构域编号 domain_id1he1B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Virulence factor YopE uncharacterised domain
结构域编号 domain_id1he1C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1he1D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)