1hfe

1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT)) × 1 （P07598） ZINC ION × 1 FE (II) ION × 2 CYANIDE ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CARBON MONOXIDE × 2 CYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT)) × 1 （P07598） FE (II) ION × 2 CYANIDE ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CARBON MONOXIDE × 2 CYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT)) × 2 （P07598） ZINC ION × 1 FE (II) ION × 4 CYANIDE ION × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CARBON MONOXIDE × 4 CYSTEINE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFS_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 T； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))

物种未注明

UniProt P07598

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT)) × 1 （P07603） ZINC ION × 1 FE (II) ION × 2 CYANIDE ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CARBON MONOXIDE × 2 CYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT)) × 1 （P07603） FE (II) ION × 2 CYANIDE ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CARBON MONOXIDE × 2 CYSTEINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT)) × 2 （P07603） ZINC ION × 1 FE (II) ION × 4 CYANIDE ION × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CARBON MONOXIDE × 4 CYSTEINE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFL_DESVH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421 作者链 M； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hfe
沉积日期 deposition_date	1998-11-11
结构标题 title	1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS
关键词 keywords	FE-ONLY HYDROGENASE, HYDROGENE METABOLISM, PERIPLASM, HYDROGENASE; HYDROGENASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hfe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hfe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.86 Å
Rg（电子密度）	20.99 Å
总 Rg	21.70 Å
原子数	3775
残基数	485
排除体积	67686 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1hfe__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1hfe__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1hfe__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))
分子量 formula_weight	13646.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T
原子数 atom_count	9079

MQIASITRRGFLKVACVTTGAALIGIRMTGKAVAAVKQIKDYMLDRINGVYGADAKFPVRASQDNTQVKALYKSYLEKPLGHKSHDLLHTHWFDKSKGVKELTTAGKLPNPRASEFEGPYPYE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))
分子量 formula_weight	46011.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

MSRTVMERIEYEMHTPDPKADPDKLHFVQIDEAKCIGCDTCSQYCPTAAIFGEMGEPHSIPHIEACINCGQCLTHCPENAIYEAQSWVPEVEKKLKDGKVKCIAMPAPAVRYALGDAFGMPVGSVTTGKMLAALQKLGFAHCWDTEFTADVTIWEEGSEFVERLTKKSDMPLPQFTSCCPGWQKYAETYYPELLPHFSTCKSPIGMNGALAKTYGAERMKYDPKQVYTVSIMPCIAKKYEGLRPELKSSGMRDIDATLTTRELAYMIKKAGIDFAKLPDGKRDSLMGESTGGATIFGVTGGVMEAALRFAYEAVTGKKPDSWDFKAVRGLDGIKEATVNVGGTDVKVAVVHGAKRFKQVCDDVKAGKSPYHFIEYMACPGGCVCGGGQPVMPGVLEAMDRTTTRLYAGLKKRLAMASANKA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,3-PROPANEDITHIOL
分子量 formula_weight	108.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CYSTEINE
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1179

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1hfel1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.96 — Fe-only hydrogenase
超家族 Superfamily superfamily	c.96.1 — Fe-only hydrogenase
家族 Family family	c.96.1.1 — Fe-only hydrogenase

结构域编号 domain_id	d1hfel2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1hfem1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.96 — Fe-only hydrogenase
超家族 Superfamily superfamily	c.96.1 — Fe-only hydrogenase
家族 Family family	c.96.1.1 — Fe-only hydrogenase

结构域编号 domain_id	d1hfem2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1hfes_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.4 — Fe-only hydrogenase smaller subunit
家族 Family family	a.137.4.1 — Fe-only hydrogenase smaller subunit

结构域编号 domain_id	d1hfet_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.4 — Fe-only hydrogenase smaller subunit
家族 Family family	a.137.4.1 — Fe-only hydrogenase smaller subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1hfeL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1780 —

结构域编号 domain_id	1hfeL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1hfeL03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	950 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3

结构域编号 domain_id	1hfeM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1780 —

结构域编号 domain_id	1hfeM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1hfeM03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	950 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3

结构域编号 domain_id	1hfeS00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	1hfeT00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron hydrogenase, small subunit

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晶胞边长 a length_a	128.970 Å
晶胞边长 b length_b	123.070 Å
晶胞边长 c length_c	65.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1582
R_free r_free	0.1820

1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hfe__assembly_1__model_1

1hfe__assembly_1__model_1 | I(q)

1hfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (SMALLER SUBUNIT))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) (LARGER SUBUNIT))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hfe__assembly_1__model_1

1hfe__assembly_1__model_1 | I(q)

1hfe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)