1gx7

Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase

D_max: 86.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gx7
沉积日期 deposition_date	2002-03-28
结构标题 title	Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSFER COMPLEX, HYDROGENASE, MULTIHEME CYTOCHROME, SOFT DOCKING, OXIDOREDUCTASE ELECTRON TRANSPORT, 4FE-4S, IRON-SULFUR ;; OXIDOREDUCTASE

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.50 Å
零角强度 I(0) i0	73235100.00
分子量 molecular_weight	65778.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81408 Å³
包络体积 envelope_volume	89524 Å³
水化壳体积 shell_volume	30208 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.23 Å
包络 Rg envelope_rg	25.06 Å
形状 Rg shape_rg	24.61 Å
总 Rg total_rg	24.92 Å
总原子数 total_atoms	5509
残基数 n_residues	566
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6551
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.545
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.038
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.5790
最高正则化参数 α highest_alpha	27340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 0.894; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.614

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
分子量 formula_weight	40239.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5509

FVQIDEAKCIGCDTCSQYCPTAAIFGEMGEPHSIPHIEACINCGQCLTHCPENAIYEAQSWVPEVEKKLKDGKVKCIAMPAPAVRYALGDAFGMPVGSVTTGKMLAALQKLGFAHCWDTEFTADVTIWEEGSEFVERLTKKSDMPLPQFTSCCPGWQKYAETYYPELLPHFSTCKSPIGMNGALAKTYGAERMKYDPKQVYTVSIMPCIAKKYEGLRPELKSSGMRDIDATLTTRELAYMIKKAGIDFAKLPDGKRDSLMGESTGGATIFGVTGGVMEAALRFAYEAVTGKKPDSWDFKAVRGLDGIKEATVNVGGTDVKVAVVHGAKRFKQVCDDVKAGKSPYHFIEYMACPGGCVCGGGQPVMPGVLEA

Entity 2 polymer

描述 description	PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT
分子量 formula_weight	10082.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VKQIKDYMLDRINGVYGADAKFPVRASQDNTQVKALYKSYLEKPLGHKSHDLLHTHWFDKSKGVKELTTAGKLPNPRASEFEGPYPYE

Entity 3 polymer

描述 description	CYTOCHROME C3
分子量 formula_weight	11687.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

APKAPADGLKMEATKQPVVFNHSTHKSVKCGDCHHPVNGKEDYRKCGTAGCHDSMDKKDKSAKGYYHVMHDKNTKFKSCVGCHVEVAGADAAKKKDLTGCKKSKCHE

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,3-PROPANEDITHIOL
分子量 formula_weight	108.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/gx/1gx7/1gx7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gx/1gx7/1gx7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gx/1gx7/1gx7.dat

Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)