9gnk

;Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gnk
沉积日期 deposition_date	2024-09-03
结构标题 title	;Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum ;
关键词 keywords	[FeFe] hydrogenase, iron-sulfur cluster, metalloenzyme, hydrogen production, fusion protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.18 Å
零角强度 I(0) i0	53377400.00
分子量 molecular_weight	55599.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68810 Å³
包络体积 envelope_volume	77033 Å³
水化壳体积 shell_volume	28654 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.35 Å
包络 Rg envelope_rg	21.66 Å
形状 Rg shape_rg	21.24 Å
总 Rg total_rg	21.87 Å
总原子数 total_atoms	7614
残基数 n_residues	485
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8287
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	54312.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8357

MSRTVMERIEYEMHTPDPKADPDKLHFVQIDEAKCIGCDTCSQYCPTAAIFGEMGEPHSIPHIEACINCGQCLTHCPENAIYEAQSWVPEVEKKLKDGKVKCIAMPAPAVRYALGDAFGMPVGSVTTGKMLAALQKLGFAHCWDTEFTADVTIWEEGSEFVERLTKKSDMPLPQFTSCCPGWQKYAETYYPELLPHFSTCKSPIGMNGALAKTYGAERMKYDPKQVYTVSIMPCIAKKYEGLRPELKSSGMRDIDATLTTRELAYMIKKAGIDFAKLPDGKRDSLMGESTGGATIFGVTGGVMEAALRFAYEAVTGKKPDSWDFKAVRGLDGIKEATVNVGGTDVKVAVVHGAKRFKQVCDDVKAGKSPYHFIEYMACPGGCVCGGGQPVVNPKDLEKVDIKKDRINGVYGADAKFPVRASQDNTQVKALYKSYLEKPLGHKSHDLLHTHWFDKSKGVKELTTAGKLPNPRASEFEGPYPYESAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Nitratidesulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+)
分子量 formula_weight	355.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	543

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.137 Å
晶胞边长 b length_b	89.213 Å
晶胞边长 c length_c	106.449 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.050 Å
最低分辨率 resolution_low	45.750 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1683
R_free r_free	0.1854

fit	/app/data/saxs_computation/gn/9gnk/9gnk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/9gnk/9gnk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/9gnk/9gnk.dat