1hji

BACTERIOPHAGE HK022 NUN-PROTEIN-NUTBOXB-RNA COMPLEX

Method: SOLUTION NMR D_max: 44.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hji
沉积日期 deposition_date	2001-01-15
结构标题 title	BACTERIOPHAGE HK022 NUN-PROTEIN-NUTBOXB-RNA COMPLEX
关键词 keywords	BACTERIOPHAGE HK022, TERMINATION, PEPTIDE-RNA-COMPLEX, PEPTIDE-RNA-RECOGNITION, PROTEIN/RNA; BACTERIOPHAGE HK022
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.23 Å
零角强度 I(0) i0	823402000.00
分子量 molecular_weight	161580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169000 Å³
包络体积 envelope_volume	16931 Å³
水化壳体积 shell_volume	10551 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.5 Å
壳层 Rg shell_rg	19.32 Å
包络 Rg envelope_rg	14.97 Å
形状 Rg shape_rg	12.18 Å
总 Rg total_rg	12.42 Å
总原子数 total_atoms	18940
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.7 Å
Rg (实空间) rg_real	11.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	823400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8198
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	13.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.387
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.029
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.944

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1hjib_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.9 — Arg-rich RNA binding peptides
超家族 Superfamily superfamily	j.9.5 — Box B RNA-binding N peptide
家族 Family family	j.9.5.1 — Box B RNA-binding N peptide

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	RNA (5-R(PGPCPCPCPUPGPAPAPAPAPAPGPGPGP*C)-3)
分子量 formula_weight	4854.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18940

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE LAMBDA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

BACTERIOPHAGE HK022 NUN-PROTEIN-NUTBOXB-RNA COMPLEX

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	NUN-PROTEIN
分子量 formula_weight	3167.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/hj/1hji/1hji.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/1hji/1hji.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/1hji/1hji.dat